5xFAD小鼠CD11b+细胞批量RNA测序
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1223797），标题为肠道本土微生物调控神经细胞状态与神经退行性疾病易感性，子集为 5xFAD_CD11b+_Bulk_RNA-seq
![PRJNA1223797: Indigenous gut microbes modulate neural cell state and neurodegenerative disease susceptibility [5xFAD_CD11b+_Bulk_RNA-seq]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/73609.jpg)
基本信息
资源简介
5xFAD小鼠CD11b+细胞批量RNA测序
该数据集为 NCBI BioProject 数据库中的一项转录组研究项目，项目编号为 PRJNA1223797，英文标题为“Indigenous gut microbes modulate neural cell state and neurodegenerative disease susceptibility”，其中包含的子集为“5xFAD_CD11b+_Bulk_RNA-seq”。从标题可以看出，该研究关注肠道本土微生物对神经细胞状态以及神经退行性疾病易感性的调控作用，并采用 bulk RNA-seq 技术对特定细胞群体进行分析。数据集在分类上归属于神经系统疾病 / 阿尔茨海默病方向，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其核心数据为基因表达层面的转录组信息。该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，属于 BioProject 体系下的一个项目记录，为用户提供与该研究计划相关的多种数据类型入口。
【数据集背景】
该数据集所属的 BioProject 是一个围绕单一研究计划组织起来的生物数据集合，通常由单一机构或联合体发起。BioProject 记录的作用是为用户提供一个统一的入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。本项目聚焦于肠道本土微生物与神经细胞状态及神经退行性疾病易感性之间的关系，并以阿尔茨海默病作为疾病背景分类。项目标题中提及的 5xFAD 通常指一种常用于阿尔茨海默病研究的转基因小鼠模型，而 CD11b+ 则指向特定免疫相关细胞群体，Bulk RNA-seq 表示在群体水平上进行转录组测序。上述信息共同勾勒出该项目在神经退行性疾病与微生物互作研究领域中的基本定位。
【数据内容】
该数据集的核心内容为转录组或基因表达数据，具体子集标注为“5xFAD_CD11b+_Bulk_RNA-seq”。这意味着数据涉及对 5xFAD 背景下 CD11b+ 细胞进行 bulk RNA 测序所获得的基因表达信息。主题标签明确指向“Transcriptome or Gene expression”，说明数据的主要类型是转录组层面的表达谱。除上述子集名称和主题标签外，关于样本数量、测序平台、读长、表达矩阵的具体格式等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 1223797。BioProject 记录本身是相关生物数据的集合入口，来源于单一研究计划。关于样本采集的具体组织、时间、地点、伦理审批信息以及实验操作流程，源站未提供。
【适用场景】
基于其分类和主题标签，该数据集适用于神经系统疾病特别是阿尔茨海默病相关的转录组研究，尤其是关注肠道微生物对神经细胞状态和疾病易感性影响的场景。由于包含 CD11b+ 细胞的 bulk RNA-seq 子集，也可能适用于研究免疫相关细胞在神经退行性疾病模型中的基因表达变化。关于更具体的适用分析类型或研究问题，源站未提供。
【使用方法】
该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库进行访问，项目编号为 PRJNA1223797。用户可在 BioProject 记录中查找与该计划相关的多种数据类型链接。关于数据下载、预处理、分析流程或软件工具的具体建议，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来自 NCBI BioProject，属于公共数据库记录。关于数据质量评估指标、测序深度、覆盖度、批次效应、样本排除标准等具体质量信息，源站未提供。使用时应结合原始项目页面中的元数据和相关说明进行判断。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、许可协议或使用限制，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1223797
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
原生微生物组影响众多宿主过程，包括神经功能。我们已经证明，大肠杆菌定植在野生型小鼠中诱导了一种独特的适应性免疫和神经退行性疾病相关细胞状态，提示疾病易感性增加。此外，在5xFAD小鼠模型中暴露于大肠杆菌会导致认知衰退和淀粉样蛋白病理加重，表明其足以恶化阿尔茨海默病相关结局。在此，我们对经大肠杆菌或载体处理的5xFAD小鼠的CD11b+脑髓系细胞进行了bulk RNA-seq，以了解大肠杆菌如何在淀粉样蛋白病理背景下调节神经免疫反应。我们证明，暴露于大肠杆菌的动物在富集1个月后，与疾病相关小胶质细胞表型相关的基因出现轻微减少，这可能有助于解释为何这些动物表现出更差的结局。总体设计：本数据集包含来自5xFAD小鼠CD11b+脑髓系细胞的bulk RNA-seq样本，这些小鼠每周3次接受10^8 cfu的大肠杆菌或载体对照处理，持续2周或1个月。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
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