PRJNA1144499:阿尔茨海默病中的小胶质细胞克隆性炎症性疾病 [数据集 1]
该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1144499),标题为阿尔茨海默病中的小胶质细胞克隆性炎症性疾病,属于神经系统疾病与阿尔茨海默病方向
![PRJNA1144499: A microglia clonal inflammatory disorder in Alzheimer’s Disease [dataset 1]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/73291.jpg)
基本信息
资源简介
PRJNA1144499:阿尔茨海默病中的小胶质细胞克隆性炎症性疾病 [数据集 1]
PRJNA1144499 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的生物学研究项目数据集,其标题指向阿尔茨海默病中的小胶质细胞克隆性炎症性疾病。该数据集在分类上归属于神经系统疾病与阿尔茨海默病方向,主题标签为转录组或基因表达。BioProject 作为生物数据的集合,通常围绕某一项单一研究计划而建立,来源于单一机构或联合体,并为用户提供统一入口,以查找该项目所产生的多种类型数据。该数据集即为这一体系下的一个具体记录,编号 1144499,英文名称为“A microglia clonal inflammatory disorder in Alzheimer’s Disease [dataset 1]”,其侧写线索概括为来自 NCBI BioProject、聚焦阿尔茨海默病中小胶质细胞克隆性炎症性疾病的研究数据。
【数据集背景】
该数据集所对应的研究背景涉及阿尔茨海默病这一神经系统疾病。从标题来看,其关注的核心生物学对象是小胶质细胞,并围绕“克隆性炎症性疾病”这一概念展开。小胶质细胞是中枢神经系统中的固有免疫细胞,在神经炎症和神经退行性过程中常被作为研究对象。该数据集被归入神经系统疾病与阿尔茨海默病分类,说明其数据内容与阿尔茨海默病的研究直接相关。BioProject 记录的设计初衷,是让用户能够在一个位置找到由同一项目产生的多种数据类型,因此该数据集也承载着整合该项目相关生物数据的角色。源站描述指出,BioProject 来源于单一组织或联合体,围绕单一研究计划收集生物数据,这为理解该数据集的归属和范围提供了框架。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,表明其数据内容属于转录组或基因表达范畴。这意味着该项目可能产生与 RNA 转录本或基因表达水平相关的数据。标题中提及的小胶质细胞克隆性炎症性疾病,提示数据可能涉及小胶质细胞在阿尔茨海默病背景下的基因表达特征。然而,关于具体样本数量、测序平台、基因列表、表达矩阵或分析结果等细节,源站未提供。因此,该数据集在数据内容层面的具体构成,仅能确认其与转录组或基因表达相关,其余具体信息无法从现有事实中获知。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,即美国国家生物技术信息中心。其记录标识为 BioProject ID 1144499。源站描述说明,BioProject 是围绕单一研究计划、来自单一组织或联合体的生物数据集合。该数据集即属于这一 BioProject 体系。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、具体研究机构或联合体名称等,源站未提供。因此,在采集与来源方面,仅能确认其来自 NCBI BioProject 数据库,编号为 1144499,其余采集细节无法补充。
【适用场景】
基于其分类和主题标签,该数据集适用于与阿尔茨海默病、小胶质细胞以及神经炎症相关的转录组或基因表达研究。研究人员可能将其用于探索小胶质细胞在阿尔茨海默病中的克隆性炎症机制,或用于基因表达层面的比较分析。由于主题标签明确指向转录组或基因表达,该数据集也可能适用于需要基因表达数据的生物信息学分析场景。但具体适用的分析类型、疾病模型、物种或细胞类型等,源站未提供,因此适用场景仅能围绕已知的分类和标签进行一般性描述。
【使用方法】
该数据集作为 NCBI BioProject 记录,用户可通过 BioProject ID 1144499 在 NCBI 网站上查找该项目,并经由 BioProject 记录所提供的链接访问该项目产生的多种数据类型。BioProject 的设计目的正是为用户提供单一入口,以发现与同一项目相关的不同数据。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析工具或处理流程,源站未提供。因此,使用方法仅能基于 BioProject 的一般访问模式进行说明,无法给出针对该数据集的具体操作步骤。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI BioProject,属于公共生物数据资源。其主题标签为转录组或基因表达,分类为神经系统疾病与阿尔茨海默病。然而,关于数据质量指标、测序深度、覆盖度、样本量、重复数、数据完整性或潜在偏差等具体信息,源站未提供。此外,该数据集标题中提及的“克隆性炎症性疾病”这一概念,在现有事实中未给出进一步定义或验证信息。因此,在质量与限制方面,无法提供具体评估,仅能确认其作为 BioProject 记录的基本属性。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI BioProject 数据库。关于该数据集的具体引用格式、许可协议、使用条款或版权声明,源站未提供。用户如需引用或使用该数据集,应参考 NCBI BioProject 网站上的相关说明。由于事实中未包含许可信息,无法在此给出具体的引用模板或许可类型。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1144499
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
由合子后DNA突变引起的体细胞遗传异质性在人体组织中普遍存在,并可导致疾病,然而少有研究探讨其在阿尔茨海默病(AD)等神经退行性过程中的作用。在此,我们报告了与年龄匹配的对照组相比,AD患者中存在携带致病性变异的小胶质细胞克隆的选择性富集,这些变异不存在于神经元、胶质/基质细胞或血液中。值得注意的是,小胶质细胞特异性的AD相关变异优先靶向MAPK通路,包括反复出现的CBL环域突变。这些变异在体外和患者中均激活ERK并驱动以强烈神经炎症反应为特征的小胶质细胞转录程序。尽管AD相关小胶质细胞克隆的自然史在人类中难以确定,但此前已证明小胶质细胞表达MAPK通路激活变异可在小鼠中引起神经退行性变,提示AD相关神经炎症性小胶质细胞克隆可能促进患者的神经退行性过程。总体设计:分析CBL突变型huIPSC来源的巨噬细胞
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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