PRJNA1144498:阿尔茨海默病中的小胶质细胞克隆性炎症性疾病 [数据集 2]

该数据集来自 NCBI BioProject(编号 1144498),主题为阿尔茨海默病中的小胶质细胞克隆性炎症性疾病,属于神经系统疾病与阿尔茨海默病方向

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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA1144498: A microglia clonal inflammatory disorder in Alzheimer’s Disease [dataset 2]

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1144498:阿尔茨海默病中的小胶质细胞克隆性炎症性疾病 [数据集 2]

PRJNA1144498 是 NCBI BioProject 数据库中收录的一个生物项目,其标题指向阿尔茨海默病中的小胶质细胞克隆性炎症性疾病,本站将其归类于神经系统疾病 / 阿尔茨海默病方向。该项目以转录组或基因表达为主题标签,意味着其产生的数据主要围绕基因表达层面的信息展开。BioProject 作为生物数据的集合性记录,旨在将同一项研究计划下产生的多种数据类型汇聚于一处,方便用户查找和访问。对于关注阿尔茨海默病发病机制、尤其是小胶质细胞相关炎症过程的研究者而言,该数据集提供了一个可追溯、可链接的数据入口,有助于从基因表达角度理解疾病相关细胞行为。

【数据集背景】

该数据集对应的研究主题为阿尔茨海默病中的小胶质细胞克隆性炎症性疾病。阿尔茨海默病属于神经系统疾病范畴,而小胶质细胞是中枢神经系统中的固有免疫细胞,其克隆性炎症 disorder 这一表述提示该研究关注小胶质细胞在疾病状态下可能出现的异常增殖或炎症相关克隆行为。数据集来源于 NCBI BioProject,编号为 1144498,标题以“A microglia clonal inflammatory disorder in Alzheimer's Disease”为核心内容,本站据此将其归入神经系统疾病与阿尔茨海默病分类。BioProject 的设立目的,是为源自单一机构或联合体的某一项研究计划提供统一的数据集合入口,使用户能够在一个记录中定位到该项目所产生的多种数据类型。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,表明其数据内容属于转录组或基因表达范畴。这意味着项目所生成的数据与基因表达谱、转录本丰度或相关表达分析有关。源站描述指出,BioProject 记录为用户提供单一位置,以查找为该计划生成的不同数据类型之间的链接。因此,该数据集本身是一个项目级记录,而非单一实验文件;它指向的是围绕小胶质细胞克隆性炎症性疾病与阿尔茨海默病这一研究计划所组织的表达相关数据集合。除主题标签所指示的转录组或基因表达方向外,源站未提供更细粒度的数据内容描述。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,具体位于 NCBI BioProject 数据库,项目编号 1144498。源站描述说明,BioProject 是来自单一组织或联合体的、与单一研究计划相关的生物数据的集合。该记录本身并不描述样本采集地点、采集时间、受试者信息或实验流程等细节,这些内容源站未提供。可以确定的是,该数据集通过 NCBI BioProject 平台发布,用户可通过该平台访问与该项目相关的数据链接。

【适用场景】

基于其主题标签和疾病分类,该数据集适用于关注阿尔茨海默病中基因表达变化的研究场景,尤其是与小胶质细胞相关的炎症机制探索。研究人员可能利用该数据集查找与“小胶质细胞克隆性炎症性疾病”这一主题相关的转录组或基因表达数据,用于假设生成、数据复用或与其他阿尔茨海默病相关数据集进行整合分析。此外,由于 BioProject 记录提供指向不同数据类型的链接,该数据集也可作为入口,帮助用户定位同一研究计划下的其他相关数据资源。具体适用场景的细节,源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库,以项目编号 1144498 进行检索,访问该数据集的记录页面。该页面作为单一入口,提供指向该项目所生成的不同数据类型的链接。用户可依据这些链接进一步获取转录组或基因表达相关的数据文件或相关信息。关于数据下载格式、分析工具、处理流程等具体使用方法,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject,属于项目级记录,其质量依赖于源站的数据管理与链接维护。由于源站描述仅说明 BioProject 是生物数据的集合,并未提供该项目的样本量、测序深度、数据完整性或质控指标等具体信息,因此无法对数据质量进行进一步评估。该数据集的限制在于,其本身不包含详细的实验描述或分析结果,用户需通过记录中的链接访问底层数据。其他质量与限制相关信息,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI BioProject,编号 1144498。关于该数据集的引用方式、使用许可、授权条款或版权声明,源站未提供。用户在使用时应参考 NCBI BioProject 及底层数据所附带的相应说明。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1144498

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

由合子后DNA突变引起的体细胞遗传异质性在人体组织中广泛存在,并可能导致疾病,然而很少有研究探讨其在阿尔茨海默病(AD)等神经退行性过程中的作用。在此,我们报告了与年龄匹配的对照组相比,AD患者中选择性富集了携带致病性变异的小胶质细胞克隆,而这些变异不存在于神经元、胶质/基质细胞或血液中。值得注意的是,小胶质细胞特异性的AD相关变异优先靶向MAPK通路,包括复发性CBL环域突变。这些变异在体外和患者中均激活ERK并驱动以强烈神经炎症反应为特征的小胶质细胞转录程序。尽管AD相关小胶质细胞克隆的自然史在人类中难以确定,但先前已证明小胶质细胞表达MAPK通路激活变异可在小鼠中引起神经退行性变,提示AD相关神经炎症性小胶质细胞克隆可能促进患者的神经退行性过程。总体设计:MAPK突变小鼠原代巨噬细胞分析

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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