野生型与SHIP1条件性敲除小鼠出生后第15天海马组织单核RNA测序
该数据集为BioProject ID 1102428，包含野生型与SHIP1条件性敲除小鼠在出生后第15天海马组织的单核RNA测序数据，主题标签为Transcriptome or Gene expression，本站归类于神经系统疾病/阿尔茨海默病
基本信息
资源简介
野生型与SHIP1条件性敲除小鼠出生后第15天海马组织单核RNA测序
PRJNA1102428 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的生物学项目，全称为“Single nucleus RNA sequencing of hippocampal tissue from wildtype and SHIP1 conditional knockout mice at postnatal day 15”。该项目围绕小鼠海马组织展开单核RNA测序，样本涵盖野生型与 SHIP1 条件性敲除两种基因型，取材时间点为出生后第15天。项目的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，在本地分类体系中归属于神经系统疾病 / 阿尔茨海默病方向。BioProject 作为生物数据的集合记录，旨在为用户提供统一入口，以便查找由某一机构或联合体发起的同一研究计划下产生的多种数据类型。该数据集的核心价值在于以单核转录组视角呈现特定发育阶段海马细胞的基因表达信息，并可通过基因型对比为相关神经生物学研究提供基础数据资源。
【数据集背景】
该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，项目编号为 PRJNA1102428。BioProject 是围绕单一研究计划或倡议组织起来的生物数据集合，通常由单一机构或联合体发起，其记录本身并不直接存储全部原始数据，而是提供指向该项目所生成各类数据的链接入口。本项目聚焦于小鼠海马组织，采用单核RNA测序技术，比较野生型与 SHIP1 条件性敲除两种基因型在出生后第15天的转录组特征。SHIP1 条件性敲除涉及特定基因的定向修饰，而海马是学习记忆与神经退行性疾病研究中的关键脑区，因此该项目在神经系统疾病，尤其是阿尔茨海默病相关研究方向上具有潜在参考意义。项目的主题标签明确指向转录组或基因表达，说明其数据主体为基因表达层面的测量结果。
【数据内容】
该项目产生的数据为单核RNA测序数据，测序对象为小鼠海马组织。样本包括野生型小鼠与 SHIP1 条件性敲除小鼠，取材时间统一为出生后第15天。单核RNA测序能够在单细胞核水平上获取转录组信息，有助于解析海马组织中不同细胞类型的基因表达谱。项目的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明数据内容属于转录组或基因表达范畴。除上述信息外，关于具体样本数量、测序深度、细胞核数目、基因检出数、数据文件格式与大小等细节，源站未提供。
【采集与来源】
数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 数据库，项目编号 1102428。生物样本为小鼠海马组织，涉及野生型与 SHIP1 条件性敲除两种基因型，发育时间点为出生后第15天。项目由单一机构或联合体发起，具体发起机构名称、所在国家、样本采集与处理流程、测序平台与试剂等信息，源站未提供。BioProject 记录的作用是汇集该项目相关的多种数据类型并提供访问链接，因此该数据集的具体采集地点与实验操作细节需参考源站进一步说明。
【适用场景】
该数据集适用于转录组与基因表达相关研究，尤其是针对小鼠海马组织的单核RNA测序分析。由于包含野生型与 SHIP1 条件性敲除的对比，可用于探索 SHIP1 基因在出生后第15天海马细胞中的表达影响。在神经系统疾病，特别是阿尔茨海默病研究方向上，该数据可作为基础表达谱资源，用于细胞类型注释、差异表达分析、细胞组成比较等探索性分析。此外，该数据也可用于方法学验证、公共数据整合分析或作为类似实验设计的参考。具体适用场景需结合源站提供的完整项目信息与数据文件确定。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问项目编号 PRJNA1102428 的记录页面，获取该项目所链接的各类数据。BioProject 记录提供统一入口，便于查找由同一研究计划产生的不同数据类型。使用时应先查阅源站提供的项目描述、样本信息与数据文件说明，了解数据组织方式与访问条件。对于单核RNA测序数据，常规分析流程包括数据下载、质控、比对或定量、细胞核聚类与注释、差异表达分析等步骤。由于源站未提供具体分析参数与推荐流程，用户需依据自身研究目的与数据实际格式制定分析方案。
【质量与限制】
该数据集的质量信息，如测序质量、细胞核活性、批次效应、数据完整性等，源站未提供。项目仅包含野生型与 SHIP1 条件性敲除小鼠在出生后第15天海马组织的单核RNA测序数据，样本类型与时间点较为特定，向其他发育阶段、其他脑区或其他物种的外推需谨慎。SHIP1 条件性敲除的具体遗传背景与敲除策略细节，源站未提供。此外，BioProject 记录本身为数据集合入口，不直接等同于经过统一处理的表达矩阵或分析结果，使用前需确认所链接数据的具体类型与可用性。
【引用与许可】
该数据集的引用方式、许可协议与使用限制，源站未提供。用户在使用时应遵循 NCBI 及 BioProject 数据库的相关政策，并参考源站记录中可能列出的引用要求与数据共享条款。由于源站未提供具体许可信息，建议直接访问项目页面获取最新说明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1102428
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究对应于Matera等人手稿《Microglial SHIP1 controls synaptic pruning in the developing hippocampus via the complement system》中进行的单核RNA测序（snRNAseq）分析。INPP5D编码脂质磷酸酶SHIP1，是与阿尔茨海默病风险相关的最常见基因之一，并在中枢神经系统中富集于小胶质细胞。已发现SHIP1在斑块相关小胶质细胞中高表达。然而，其如何调控小胶质细胞功能并影响脑生理学的研究尚不充分。在本研究中，我们生成了出生后第15天野生型（WT）和条件性SHIP1敲除（KO）小鼠海马体的snRNAseq数据集。通过预测细胞间通讯，我们发现KO小鼠中神经元相互作用减少，这与手稿其余部分中突触丢失的结果一致。总体设计：本研究使用了野生型（WT）和条件性SHIP1敲除（KO）小鼠。KO小鼠为在Cx3cr1 Cre启动子下控制的Inpp5d-floxed小鼠。通过在出生后第3天和第4天注射他莫昔芬诱导重组。
在出生后第15天，从WT（n=4）和KO（n=4）小鼠的一个半球中解剖出新鲜冷冻的海马组织。每组使用2只雄性和2只雌性幼鼠。在进行单核分离后，我们对NeuN和Olig2进行染色，然后采用FANS策略富集较少见的细胞类型。随后将细胞核加载到10x Genomics Chromium单细胞芯片上。使用10x Genomics Chromium Single Cell 3’ Reagents试剂盒制备cDNA文库并进行双重索引。然后将样品以等摩尔比例混合，并在NextSeq2000平台上进行测序。数据使用CellRanger7进行预处理，然后使用Seurat v4.3进行分析。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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