phs001362:胃癌转移灶连锁读长测序
该网站将其描述为 dbGaP study (Case-Control),主题涉及病例对照,并指出它属于肿瘤领域公开数据集

基本信息
资源简介
phs001362:胃癌转移灶连锁读长测序
该数据集英文名为 phs001362: Linked Read Sequencing of Gastric Cancer Metastases,分类上归入肿瘤 / 胃癌,来源网站为 ncbi.nlm.nih.gov。该网站将其描述为 dbGaP study (Case-Control),主题涉及病例对照,并指出它属于肿瘤领域公开数据集。整体来看,该资源围绕胃癌转移灶的 Linked Read 测序以及病例对照研究框架展开,可供肿瘤领域相关研究参考,但更细的样本构成、技术方法和使用条件仍需以来源页面为准。
【数据集背景】
该数据集以 phs001362 为标识,英文名称为 Linked Read Sequencing of Gastric Cancer Metastases,中文可理解为与胃癌转移灶的 Linked Read 测序相关。其分类归入肿瘤 / 胃癌,来源网站为 ncbi.nlm.nih.gov。该网站将其描述为 dbGaP study (Case-Control),主题涉及病例对照研究框架。作为公开数据集,它面向肿瘤领域,尤其与胃癌方向相关。关于研究发起机构、研究者、所属项目、资助来源、伦理审批信息、发表文献等背景内容,源站未提供。
【数据内容】
从名称看,该数据集涉及 Linked Read Sequencing,即 linked read 测序,并以 Gastric Cancer Metastases 为研究对象,指向胃癌转移相关样本。主题涉及病例对照,提示数据组织可能与病例组和对照组的比较有关。除此之外,源站未提供具体样本数量、病例与对照的配比、测序读长、覆盖深度、原始数据格式、变异检出结果、临床注释字段、随访信息或衍生分析结果等内容。
【采集与来源】
该数据的来源网站为 ncbi.nlm.nih.gov,页面登记为 dbGaP study (Case-Control)。因此,其采集与来源信息应以 dbGaP 中对应研究页面的说明为准。样本采集地点、采集时间、入组与排除标准、人群来源、样本类型、测序平台、建库方法、数据生成流程以及任何与生物样本库或临床机构相关的细节,源站未提供。
【适用场景】
该数据集分类为肿瘤 / 胃癌,主题涉及病例对照,并作为公开数据集提供。它可以作为胃癌转移相关测序研究的背景调研入口,也可用于了解 linked read 测序在肿瘤病例对照研究中的可能应用方向,或作为二次分析、方法学比较和教学演示的候选资源。是否适合特定研究问题,取决于来源页面实际提供的数据内容、访问权限与质量控制信息。关于具体适用场景的推荐或限制,源站未提供。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用方法,包括访问入口、下载方式、申请流程、授权条件、账号要求、数据格式说明、分析工具建议等。由于来源网站为 ncbi.nlm.nih.gov,使用者应前往该站对应的 dbGaP 研究页面,依据页面指引获取数据与相关文档。具体操作步骤与开放程度,源站未提供。
【质量与限制】
源站未提供质量评估信息,例如测序质量、覆盖均匀性、批次效应、样本重复性、数据完整性、缺失值情况、统计功效或验证实验结果等。可以确认的是,该资源被标注为公开数据集,且以肿瘤 / 胃癌和病例对照为主题,但这些信息不足以判断其数据质量与适用范围。使用前应核对来源网站的最新说明,并自行评估数据是否满足研究需求。其他质量与限制细节,源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用格式、许可协议、数据使用限制、商业使用规定、再分发条件或出版致谢要求。由于来源网站为 ncbi.nlm.nih.gov,相关引用与许可信息应以该站对应 dbGaP 研究页面的正式说明为准。在未获得明确许可前,不应假定可以自由使用或再分发。具体条款,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs001362
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
dbGaP study (Case-Control).
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