转移性去势抵抗性前列腺癌全基因组测序数据集
转移性去势抵抗性前列腺癌全基因组数据集
基本信息
资源简介
转移性去势抵抗性前列腺癌全基因组测序数据集
【一句话概览】
本研究纳入甲基苯丙胺依赖者与健康对照两组受试者，共107人，旨在描述戒断第一个月内的脑结构与认知情况。受试者可参加一个或两个阶段：第一阶段覆盖戒断第一周，第二阶段覆盖随后3至4周。甲基苯丙胺滥用者作为住院患者全程戒断，对照者以门诊形式在对应时间点接受评估。研究提供表型和基因型数据，感兴趣的研究者可联系主要研究者商讨fMRI数据的共享事宜（来源 NCBI）。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Early Methamphetamine Abstinence: fMRI and Brain Function》。
【数据内容】
源站原始描述：This study included two groups of subjects, methamphetamine-dependent and healthy control participants, with the purpose of characterizing brain structure and cognition during the first month of abstinence from methamphetamine. Participants were able to participate in one or both phases of the study. Methamphetamine abusers were held as inpatients and abstained from methamphetamine use during the entirety of the study. Phase I covered the 1st week of abstinence and Phase II covered the next 3-4…
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：本研究纳入了两组受试者，即甲基苯丙胺依赖者和健康对照参与者，目的是描述在戒断甲基苯丙胺后的第一个月内脑结构与认知的特征。参与者可以参加研究的一个或两个阶段。甲基苯丙胺滥用者在整个研究期间作为住院患者被收治，并完全戒断甲基苯丙胺使用。第一阶段涵盖戒断的第1周，第二阶段涵盖戒断后的接下来3-4周。对照受试者作为门诊受试者，在与甲基苯丙胺使用者接受评估相对应的时间段参与研究。以下更详细地概述了研究程序。在初步电话筛查后，面对面筛查和招募程序在UCLA神经精神病学研究所进行。每位甲基苯丙胺滥用者受试者在完成关于药物使用史的访谈和问卷，并提供甲基苯丙胺尿液检测阳性结果后进入研究。评估包括根据《DSM-IV结构化临床访谈》（SCID-IV）进行的精神病学诊断访谈、病史和体格检查、血液检测[包括完整化学面板、肝功能面板以及丙型肝炎和HIV检测]。还采集尿液样本用于非法药物筛查，并检测是否怀孕（女性受试者）。随后，甲基苯丙胺滥用者被收入General Clinical Research Center（CRC），以住院方式参与研究，在那里他们每天接受关于药物渴求、戒断和情绪的问卷。当前研究提供了表型和基因型数据，感兴趣的研究人员可以联系主要研究者，讨论共享fMRI数据的可能性。
【主题与分类】
主题标签：Substance-Related Disorders、Methamphetamine、fMRI、Brain Function、Case-Control、Genotyping。
【适用方向】
结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。
【获取与许可】
源站页面：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs001198.v1.p1
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs001198.v1.p1
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 450.00 GB。
数据说明
该数据集来自西海岸前列腺癌抗性联盟（WCDT），针对转移性去势抵抗性前列腺癌（mCRPC，即IV期）患者的活检样本进行了全转录组和基因组测序。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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