成纤维细胞介导的促结缔组织增生反应通过YAP-CTRB1驱动的竞争适应度抑制胃癌

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE349193

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：为表征与肿瘤–成纤维细胞接触相关的转录程序，并确定补充生物素或TurboID介导的生物素化本身是否会改变细胞基因表达，我们进行了三项互补的RNA-seq分析。首先，将发生MFCSTCL相互作用的L929成纤维细胞（Biotin+）与未发生相互作用的L929成纤维细胞（Biotin−）进行比较，以识别与接触相关的转录变化。同时，生成了两个对照数据集，以评估标记过程本身可能引起的转录效应：在有或无生物素条件下培养的MFCSTCL细胞，以及在有或无生物素条件下用纯化TurboID处理的L929成纤维细胞。方法：对于肿瘤–成纤维细胞相互作用数据集，将MFCSTCL细胞与L929成纤维细胞共培养，并分离出与肿瘤发生相互作用的（Biotin+）和未发生相互作用的（Biotin−）L929细胞进行RNA测序。对于生物素标记对照，将MFCSTCL细胞在有或无生物素条件下培养，而L929成纤维细胞则先用纯化TurboID处理，随后在有或无生物素条件下培养。

从每种条件中提取总RNA，使用Agilent 2100 Bioanalyzer评估RNA质量，并在Illumina NovaSeq 6000平台上对测序文库进行分析。结果：对与肿瘤相互作用的L929成纤维细胞与未相互作用的L929成纤维细胞进行RNA-seq分析，揭示了一种明显的相互作用相关转录状态，包括与成纤维细胞增殖、细胞适应性及生长相关信号程序有关的基因和通路的变化。相比之下，对在有或无生物素条件下培养的MFCSTCL细胞进行比较，显示整体表达谱高度相似，且差异基因表达极少。在经TurboID处理、在有或无生物素条件下培养的L929成纤维细胞中也获得了类似结果，表明生物素补充和TurboID介导的生物素化对整体转录状态产生的影响极小。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。