O-prenylchalcone 7e 处理 AGS 细胞的 lncRNA 与 mRNA 表达谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE344582

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究旨在表征 O-prenylchalcone 7e 在 AGS 胃癌细胞中诱导的 lncRNA 和 mRNA 表达谱变化。背景：胃癌仍是全球癌症相关死亡的主要原因之一，这凸显了需要识别靶向参与肿瘤进展的分子网络的新型治疗策略。尽管新的治疗化合物显示出有前景的特性，但由非编码 RNA（ncRNAs）激活的抗肿瘤机制在很大程度上仍未得到探索。在本研究中，我们评估了新化合物 O-prenylchalcone 7e 对增殖和细胞死亡的影响，特别关注胃癌细胞中由长链非编码 RNA（lncRNAs）和信使 RNA（mRNAs）网络介导的转录组重编程。方法：用 O-prenylchalcone 7e 处理 AGS 细胞，并使用 Clariom™ D Human 微阵列对 mRNAs 和 lncRNAs 进行转录组分析。通过 GO、KEGG 和 GSEA 工具对差异表达转录本进行功能富集分析。使用 Cytoscape 通过共表达分析构建 lncRNA–miRNA–mRNA 网络。

候选lncRNA和mRNA表达通过RT-qPCR实验进行了验证。通过转染特异性siRNA实现lncRNA OVCH1-AS1沉默。通过转染miRNA前体进行miR-181a-5p异位过表达。通过RT-qPCR实验评估OVCH1-AS1沉默和miR-181a-5p过表达。通过Western blot测定RHOB蛋白水平。使用MTT实验评估细胞增殖。通过Annexin V/7-AAD染色和流式细胞术进行凋亡分析。使用MitoOrange染料和流式细胞术分析线粒体膜电位。结果：我们的数据显示，O-异戊烯基查尔酮7e重编程了AGS胃癌细胞的lncRNA和mRNA转录组。使用微阵列进行的表达谱分析鉴定出261个差异表达的lncRNA，其中146个上调，并且

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。