基质Hedgehog信号通过产生BMP拮抗剂驱动胃肠道干细胞区段特异性恶性转化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE300523

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Hedgehog（HH）信号在上皮-基质相互作用中发挥着复杂的作用，但其通过异质性基质细胞群体对胃肠道干细胞的影响仍不完全清楚。在此，我们发现，在以Col1a2、Pdgfra或Gli1标记的基质细胞中（而非Acta2标记的基质细胞）遗传激活HH信号，可诱导胃和胃食管交界处发生肿瘤，但不在小肠或大肠中。HH信号通过Gli1介导的转录，增加胃基质细胞（而非结肠基质细胞）中多种BMP拮抗剂的表达。这些BMP拮抗剂进而激活胃干细胞中的Wnt-β-catenin信号，驱动其增殖并启动表达CD44和Sox9但不表达Lgr5的胃癌。激活BMP或抑制Wnt信号可阻断肿瘤起始。TCGA患者数据分析显示，胃癌中HH信号升高，且与BMP信号受抑制相关。这些发现揭示了HH信号在Pdgfra+Acta2-基质细胞中对胃肠道区段特异性的致癌作用，该作用通过BMP-Wnt/β-catenin轴介导。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。