幽门螺杆菌感染胃体黏膜萎缩性胃炎的转录分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE27411

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

多数胃癌病例被认为是由幽门螺杆菌的慢性感染引起的，而萎缩性胃体胃炎是胃癌发生的一个易感条件。我们旨在通过对胃组织进行全局转录组分析，加深对萎缩分子细节的理解。从胃窦和胃体黏膜取不同阶段幽门螺杆菌感染患者的活检样本，并在微阵列上进行分析。这些阶段包括当前无幽门螺杆菌感染的患者、感染幽门螺杆菌但无胃体萎缩的患者，以及当前或既往感染幽门螺杆菌并伴有胃体为主型萎缩性胃炎的患者。通过聚类和综合分析，我们找到了萎缩患者胃体黏膜发生胃窦化的确凿证据。这种胃窦化伴有胃泌素表达的获得，以及与产酸、能量代谢和凝血相关基因等胃体相关基因表达的缺失。这些分析为萎缩性胃体组织中同时存在的肠化生（IM）和表达解痉多肽的化生（SPEM）提供了详细的分子证据。

最后，酸性哺乳动物几丁质酶——一种由主细胞产生的几丁质降解酶——在胃体萎缩中显示出强烈下调。转录组分析揭示了与胃体萎缩发展相关的若干基因群，其中一些在幽门螺杆菌感染的非萎缩患者中也有所增加。此外，酸性几丁质酶表达的缺失是胃体萎缩的一个有前景的标志物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。