幽门螺杆菌CagA蛋白驱动人胃类器官肠化生转变

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE246474

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胃黏膜肠上皮化生（GIM）是胃癌发生过程中的一个癌前阶段。尽管有强有力的证据表明，CagA阳性幽门螺杆菌感染在GIM的发生中起作用，但目前可用的实验模型尚未为这种关联提供机制线索。在此，我们在来源于正常原代上皮细胞的人胃类器官中异位表达了幽门螺杆菌CagA蛋白。天然CagA蛋白产生后迅速被加工，生成一个约35 kDa的酪氨酸磷酸化C端片段。这导致STAT3通路激活，以及CDX2表达异常升高——CDX2是肠型细胞的标志物——以及其他肠道标志物升高。因此，CagA驱动胃细胞重编程为肠样表型，即向GIM方向发展。总之，我们描述了CagA诱导的STAT3信号与肠样转分化之间的协同机制，促进癌前状态。我们的模型为CagA在胃发病机制中直接驱动癌前病变提供了机制证据。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。