EBVaGC中EBV基因组三维结构调控病毒基因表达的HiC数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE239989

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Epstein-Barr病毒（EBV）通过其染色质化游离体与宿主基因组共同复制，建立终生无症状感染。EBV表现出不同的潜伏期相关转录谱，每种转录谱具有不同的三维结构。CTCF、Cohesin和PARP1参与维持病毒潜伏期和建立游离体架构。Epstein-Barr病毒相关胃癌（EBVaGC）占全球所有胃癌的1.3%至30.9%。EBV阳性胃癌表现出一种称为“II型潜伏期”的中间病毒转录谱，表达特定的病毒基因和非编码RNA。在本研究中，我们研究了PARP1抑制对II型潜伏期中CTCF/Cohesin结合的影响。我们观察到这两种因子的结合均不稳定，导致游离体的三维架构被破坏，病毒基因表达发生改变。尽管具有相同的CTCF结合谱，I型、II型和III型潜伏期表现出不同的三维结构，这些结构与病毒基因表达的变化相关。

此外，我们对H3K27ac富集相互作用的研究揭示了II型潜伏期游离体之间的差异，并通过将EBV基因组锚定在人类基因组的特定位点，建立了与细胞转化之间的联系，从而促进了癌基因的表达。总体而言，这项工作为理解PARP1在维持活跃潜伏期中的作用以及EBV诱导细胞转化的新机制提供了见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。