N6-甲基腺嘌呤DNA去甲基化酶ALKBH1通过破坏NRF1结合能力促进胃癌发生 [ALKBH1-6mA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE214125

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数据说明

DNA N6-甲基腺嘌呤（6mA）是一种新兴的表观遗传修饰，调控多种生物学过程。在此，我们证明了DNA 6mA修饰在胃癌（GC）中的作用。与正常胃组织和GES1细胞相比，GC细胞和肿瘤中6mA水平显著降低。6mA-IP-seq显示，6mA在转录起始位点周围富集，并出现在共有基序上。在6mA调控因子中，去甲基化酶ALKBH1在GC组织中的表达显著高于癌旁正常组织（n=32，P<0.05）。此外，在三个独立的GC队列中，ALKBH1高表达与GC患者生存期差相关（队列I：n=276，P=0.0093；队列II：n=136，P=0.001；TCGA数据集：n=381，P=0.0061）。在功能上，ALKBH1敲除增加了DNA 6mA，并在体外抑制了GC细胞生长和细胞迁移，在体内抑制了致瘤性和转移。小鼠中ALKBH1敲除损害了化学诱导的胃癌发生。在机制上，ALKBH1介导DNA 6mA去甲基化以抑制基因表达。

特别地，6mA位点在NRF1结合序列中富集，并成为ALKBH1去甲基化的目标。ALKBH1诱导的6mA去甲基化抑制了NRF1驱动的下游靶基因转录，这些靶基因包括参与AMPK信号通路的多个基因。因此，ALKBH1抑制了AMPK信号传导，导致代谢向有利于肿瘤发生的Warburg效应转变。总之，我们首次揭示了ALKBH1在胃癌中发挥致癌作用。ALKBH1在肿瘤抑制基因的NRF1结合区域内对6mA进行去甲基化，从而减弱NRF1的结合，进而使AMPK信号失活并促进“Warburg”表型。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。