Epstein Barr病毒环状RNA组

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE116675

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

随着对EBV编码microRNA、新型长非编码RNA以及数百种新的多聚腺苷酸化裂解期转录本的发现，我们对Epstein Barr病毒（EBV）转录组复杂性程度的认识不断加深。在此，我们通过鉴定一组潜伏期和裂解期病毒环状RNA（circRNA），报道了EBV转录组的又一层面。利用RNase R测序技术并结合代表潜伏期I、II和III型的细胞模型，我们鉴定出由潜伏期Cp启动子表达的circRNA，其涉及从W1和W2外显子到C1外显子的反向剪接，以及来自EBNA BamHI U外显子和潜伏期长非编码RPMS1位点的circRNA。我们还鉴定出在病毒再激活期间表达的circRNA，包括一个外显子8至2反向剪接的LMP2转录本和一个源自BHLF1基因的高表达circRNA。总之，我们鉴定出超过30个EBV circRNA候选分子，并验证和确定了若干重要病毒circRNA的结构特征、表达谱及核质分布。此外，我们证明有两种RPMS1 circRNA在胃癌标本中表达。

本研究扩展了已知的EBV潜伏期及裂解期转录组谱系，将病毒环状RNA纳入其中，并为探究这一新型EBV转录本类别在EBV生物学及疾病中的功能提供了重要基础。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。