自然发生犬胃癌模型的全基因组分析：鉴定15个易感位点并揭示HDAC2、SOX2-OT和IGF2BP2

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源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Adbea92c5c59db6178bb5f73cde676d6407bdbab6284688b35a9fba351fa6a3df

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数据说明

胃癌是全球第五大常见的人类癌症，生存率低且治疗选择有限。尽管发病率和死亡率都很高，但其遗传病因在很大程度上仍不清楚。在犬类中，一种在临床和组织学上相似的疾病不成比例地影响两个品种——比利时特弗伦犬和比利时牧羊犬，它们会出现与人类相同的肠型和弥漫型肿瘤亚型。我们在这一自然发生的犬类模型中进行了贝叶斯全基因组关联研究和选择分析，以阐明胃癌的潜在遗传风险因素，并识别出15个相关位点。变异过滤揭示了EPAS1（HIF2A）和PTEN基因的生殖系推定调控变异，以及CD101中的一个编码变异。其中两个位点在肠型肿瘤亚型病例中过度呈现。尽管比利时马里努阿犬与特弗伦犬和牧羊犬亲缘关系密切，但很少发生胃癌。

跨品种分析揭示了单倍型富集…，# 数据来源：基因组分析识别出15个易感位点，并揭示了自然发生的犬胃癌模型中的HDAC2、SOX2-OT和IGF2BP2 https://doi.org/10.5061/dryad.pg4f4qrzs ## 数据及文件结构描述 手稿标题：“基因组分析识别出15个易感位点，并揭示了自然发生的犬胃癌模型中的HDAC2、SOX2-OT和IGF2BP2” 作者：Shawna R. Cook, Sanne Hugen, Jessica J. Hayward, Thomas R. Famula, Janelle M. Belanger, Elizabeth McNiel, Hille Fieten, Anita M. Oberbauer, Peter A.J. Leegwater, Elaine A. Ostrander, Paul J.J. Mandigers, Jacquelyn M. Evans 本文件集包含： 1. 二进制PLINK文件，包含363只比利时牧羊犬的基因型数据，使用173k Illumina CanineHD BeadChip芯片进行检测，位置参照CanFam3.1参考基因组报告。 173k_prephased_highcall.fam 173k_prephased_highcall.bim 173k_prephased_highcall.bed 2. 二进制PLINK文件包…

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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