胃癌深度测序揭示与个体化医疗相关的体细胞突变
胃癌深度测序数据集，识别体细胞突变以支持个体化医疗。
基本信息
资源简介
胃癌深度测序揭示与个体化医疗相关的体细胞突变
【一句话概览】
该SuperSeries围绕胃癌深度测序，揭示与个体化医疗相关的体细胞突变。它由子系列GSE29996（Affymetrix SNP芯片数据）和GSE29998（Illumina mRNA表达芯片数据）组成，涉及Homo sapiens的阵列比较基因组杂交、基因分型和转录谱分析；详情请参阅各子系列（来源 BioStudies）。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Deep sequencing of gastric carcinoma reveals somatic mutations relevant to personalized medicine》。
【数据内容】
源站原始描述：This SuperSeries is composed of the following subset Series: GSE29996: Deep sequencing of gastric carcinoma reveals somatic mutations relevant to personalized medicine [Affymetrix SNP array data] GSE29998: Deep sequencing of gastric carcinoma reveals somatic mutations relevant to personalized medicine [Illumina mRNA expression array data] Refer to individual Series
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：该 SuperSeries 由以下子系列组成： GSE29996：胃癌深度测序揭示与个体化医疗相关的体细胞突变 [Affymetrix SNP 芯片数据] GSE29998：胃癌深度测序揭示与个体化医疗相关的体细胞突变 [Illumina mRNA 表达芯片数据] 详见各子系列
【主题与分类】
主题标签：genotyping by array、transcription profiling by array、Homo sapiens。
【适用方向】
组学数据适用于生物标志物发现与分子分型相关建模研究。
【获取与许可】
源站页面：https://www.ebi.ac.uk/biostudies/ArrayExpress/studies/E-GEOD-29999
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://www.ebi.ac.uk/biostudies/ArrayExpress/studies/E-GEOD-29999
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- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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