Marjolin溃疡单细胞与原位空间转录组数据集

资源简介

Marjolin溃疡单细胞与原位空间转录组数据集

GSE251938 是 NCBI GEO 上的一个 SuperSeries，标题为“Marjolin ulcers 的单细胞与原位空间转录组研究”，本站将其归类于肿瘤 / 皮肤鳞状细胞癌方向。该数据集围绕 Marjolin 溃疡这一主题，整合了单细胞转录组与原位空间转录组两类技术路线，由 Jeff、Biernaskie 提交，发布时间为 2023 年 12 月 22 日。数据集目前提供 1 个文件，即 GSE251938_series_matrix.txt.gz，主题标签涉及高通量测序表达谱分析，并标注了平台 GPL24676 与物种编号 9606。整体而言，该数据集适合作为皮肤鳞状细胞癌相关转录组研究的入口资源，用于了解该 SuperSeries 所汇总的子系列结构及其表达谱数据组织方式。

【数据集背景】

Marjolin 溃疡是指发生于慢性瘢痕、慢性溃疡或烧伤瘢痕基础上的恶性病变，在皮肤肿瘤研究中具有特殊的临床与生物学意义。该数据集以 Marjolin 溃疡为研究对象，采用单细胞转录组与原位空间转录组相结合的策略，试图在单细胞分辨率与空间位置信息两个层面刻画病变组织。数据集以 SuperSeries 形式组织，源站描述明确指出该 SuperSeries 由下列 SubSeries 组成，说明其本身是一个汇总性条目，具体研究内容分散在若干子系列之中。本站将其归入肿瘤 / 皮肤鳞状细胞癌分类，与研究对象所属的疾病领域一致。

【数据内容】

该数据集当前提供的文件数量为 1，文件样例为 GSE251938_series_matrix.txt.gz，即一个经过 GZIP 压缩的系列矩阵文件。系列矩阵通常承载样本层面的表达谱汇总信息，是该 SuperSeries 对外提供的主要数据载体。主题标签显示其数据类型为基于高通量测序的表达谱分析（Expression profiling by high throughput sequencing），平台标注为 GPL24676，物种标注为 9606（即人类）。除上述文件与标签信息外，源站未提供更细的样本数量、分组设计、基因注释版本或空间转录组切片数量等具体内容。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，即 NCBI GEO 数据库，属于公共基因表达数据资源。源站标题与数据集英文名一致，均为“Single-cell and In Situ Spatial Transcriptomics of Marjolin ulcers”。提交者信息记录为 Jeff 与 Biernaskie，发布时间为 2023 年 12 月 22 日。关于样本采集地点、伦理审批信息、测序平台的具体型号细节以及建库方法，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题与技术标签，该数据集可用于皮肤鳞状细胞癌及 Marjolin 溃疡方向的转录组数据检索与二次分析入口，也可作为单细胞与空间转录组联合研究的方法学参考对象。由于其为 SuperSeries，适合用于梳理相关子系列之间的组织关系。具体的分析场景，如差异表达分析、细胞类型注释或空间区域比较，源站未提供明确说明。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE251938_series_matrix.txt.gz，按 GZIP 压缩包格式进行读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入后续分析流程。关于配套的分析脚本、参考基因组版本或标准化流程，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集目前仅提供 1 个系列矩阵文件，样本层面的质控指标、测序深度、细胞数量等质量相关信息源站未提供。作为 SuperSeries，其详细数据需结合所列 SubSeries 获取，但子系列的具体清单与内容源站未提供。使用时应注意其汇总性质带来的信息粒度限制。

【引用与许可】

该数据集的作者记录为 Jeff 与 Biernaskie，发布时间为 2023 年 12 月 22 日，来源为 NCBI GEO。关于具体的引用文献、许可条款与使用限制，源站未提供。