银沉积micro-CT对斑马鱼黑色素的全生物体三维定量表征

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A542b41a767442836a7484833441ad92d415eff7a3fd683d9dfb960c1ecf90ee7

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

富含黑色素的斑马鱼黑色素细胞被用于研究色素发育、人类肤色，并作为一种大规模筛选表型。为促进对黑色素含量和形态进行更详细的全身体计算分析，我们将X射线显微断层扫描（micro-CT）——一种非破坏性的全容积成像模态——与离子银染的新应用相结合，以表征整条斑马鱼幼体中的黑色素分布。经银染的鱼体的归一化micro-CT重建结果一致地再现了光学显微镜下所见的色素模式，并使得能够在野生型和突变体样本之间对黑色素含量进行直接的定量比较，涵盖此前未描述过的显著和细微表型。将黑色素银染用于micro-CT，为在细胞分辨率下对特定细胞类型进行全身体三维计算表型组学分析提供了原理验证，并有望应用于其他模式生物和人类黑色素瘤活检。全生物体高分辨率表型分析是一项具有挑战性的理想目标，但为突变、疾病和环境影响的功能研究提供了优越的背景。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。