小鼠黑色素瘤脑转移细胞外囊泡预处理Visium新鲜冷冻空间转录组数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.22924631

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 266.6 MB。

数据说明

空间转录组学（10x Visium，新鲜冷冻）用于研究肿瘤来源细胞外囊泡预处理后黑色素瘤脑转移模型中小鼠脑微环境。该数据集包含来自10x Genomics Visium空间基因表达实验的原始Space Ranger输出，实验对象为新鲜冷冻（FF）组织，作为黑色素瘤脑转移（MBrM）研究的一部分生成。背景我们此前的研究表明，在注射黑色素瘤细胞之前给予肿瘤来源细胞外囊泡（EVs）预处理，可显著增加脑转移的数量和体积。本研究探讨EV预处理如何改变脑和肿瘤微环境中的基因表达，包括空间和时间维度。实验设计宿主（组织）：Mus musculus（小鼠）肿瘤细胞：Homo sapiens（人黑色素瘤）EV来源：Homo sapiens（人黑色素瘤来源）时间点：肿瘤细胞注射后2周和7周平台：10x Genomics Visium空间基因表达（新鲜冷冻）每个样本的处理组、时间点及其他注释列于sample_metasheet.csv中。

数据内容
对于每个样本，Space Ranger输出文件夹包含经过过滤的特征-条形码矩阵、组织图像、组织位置和比例因子。数据处理使用了GRCh38和mm10参考基因组。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。