黑色素细胞转录组状态与转移性黑色素瘤患者长期随访不良生存独立相关

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源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A2cf302b91277fcd293492ad541d44387a20b5429e972d564d863bf0a1d54a84c

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数据说明

黑色素瘤呈现出不同的转录组状态，但其与临床结局的关联尚不明确。我们对患者的转移性肿瘤进行了数字空间RNA profiling（DSP-RNA），以探究转录组状态与黑色素瘤特异性生存期（MSS）及肢端黑色素瘤（AM）状态的相关性。我们在由111例1990年至2020年间诊断为在途转移性黑色素瘤（ITM）患者构建的组织微阵列上进行了DSP-RNA检测。经过数据质量控制、噪声校正和归一化处理，最终从105例患者获得了高质量的表达谱，其中30例（36%）接受过免疫检查点抑制剂治疗，20例（24%）为AM。我们进行了主成分分析（PCA），并将结果与已发表的基因特征进行关联：PC1轴可区分短暂型与未分化型黑色素瘤，PC2反映免疫细胞浸润，PC3对应基质细胞和神经嵴样黑色素瘤，PC4与黑色素细胞型黑色素瘤相关。

在……中，数据来自：黑色素细胞转录组状态与转移性黑色素瘤患者长期随访中的不良生存独立相关 数据集DOI：10.5061/dryad.kh18932pf ## 数据和文件结构描述 使用Nanostring GeoMx数字空间分析仪（DSP）和人类全转录组图谱（WTA）探针面板对TMA进行空间转录组学分析。TMA经过CD20（B细胞）、CD3（T细胞）和DNA染色，以指导感兴趣区域（ROI）的选择。绘制ROI以最大化TMA上每个组织斑点内的肿瘤含量。完整的ROI在没有使用分割的情况下进行分析，以避免细胞计数不足。DSP板干燥后在10uL无核酸酶水中重新水化。按照WTA RNA样本的方案制备和合并文库。使用Tapestation D1000检测和Qubit评估最终池的质量。测序已进行

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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