Syntenin-1在葡萄膜黑色素瘤中的表达及其与转移进展的相关性

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-27831

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

葡萄膜黑色素瘤是一种侵袭性癌症，约半数患者会发生肝转移，此时几乎总是致命的。识别高转移风险的患者可能为频繁随访以早期发现转移和治疗提供指征。对原发性人葡萄膜黑色素瘤的基因表达谱分析显示，SDCBP（编码syndecan结合蛋白-1或syntenin-1）高表达，在复发患者中表达更高，而syndecan的表达较低且与疾病进展无关。此外，我们在另外两个独立的葡萄膜黑色素瘤患者数据集中发现，SDCBP基因的高表达与转移进展相关。更重要的是，免疫组织化学显示，在我们队列的患者中，原发肿瘤中syntenin-1蛋白的高表达与转移复发显著相关。在培养的葡萄膜黑色素瘤细胞或原发肿瘤中，通过RT-PCR、免疫荧光和免疫组织化学证实了syntenin-1的表达。

在NOD/SCID/IL2R null小鼠中建立了一种葡萄膜黑色素瘤向肝脏的假转移模型，对原发灶和转移灶中syntenin-1表达的研究显示，转移灶中syntenin-1表达更高。通过siRNA抑制SDCBP表达，损害了葡萄膜黑色素瘤细胞在划痕愈合实验中的迁移能力。这些结果表明，SDCBP参与葡萄膜黑色素瘤的进展，并且是转移的候选分子标志物和潜在的治疗靶点。测量了来自葡萄膜黑色素瘤患者的29个独特样本的基因表达谱。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。