免疫检查点抑制剂及其他免疫治疗诱导的选择压力与演化

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT02724488

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

条件：头颈部癌、黑色素瘤。本可行性研究将分为两部分进行。第一部分主要旨在探讨对目前正在接受免疫检查点抑制剂（ICIs）治疗的晚期实体瘤个体患者进行血浆来源循环肿瘤DNA（ctDNA）超深度测序的可行性。将申请获取患者的存档肿瘤组织，并用于肿瘤DNA的全外显子组测序（WES）。将在单个时间点采集血样，用于通过下一代测序进行ctDNA分析和生殖系DNA分析（以研究正常变异）。第二部分设计为一项前瞻性研究，患者将在多个连续时间点采集肿瘤和血液样本，以研究在ICIs选择压力下肿瘤的克隆演化。患者将在最多3个时间点接受影像引导下的新鲜肿瘤空心针活检：1. 在开始ICIs之前，以及2. 当标准放射学RECIST 1.1标准和/或免疫相关反应标准确认疾病对治疗有反应时，以及3.

当治疗中的影像学疾病进展经RECIST 1.1标准确认时。对免疫治疗有疾病应答的患者最多可进行3次新鲜肿瘤活检（全部3个时间点），而对治疗无应答的患者仅进行1次活检（第1个时间点）。对于将作为另一项临床试验一部分（在该试验中接受ICIs）在不同于本研究的时间点进行强制性治疗中活检的患者，研究者将在SPECIAL研究内请求额外获取一份核心肿瘤材料用于研究，前提是经放射科工作人员判断该操作可行且安全。用于ctDNA分析的血样将在治疗开始时采集，此后每6-12周采集一次，最好尽可能与影像学肿瘤评估同时进行，直至使用RECIST 1.1标准确认影像学疾病进展。源自外周血的正常基因组DNA

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。