MCPyV阴性及阳性Merkel细胞系来源外泌体microRNA表达谱比较分析复现数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.18710/BDMYIK

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数据说明

该数据集涉及MCPyV阴性与阳性MCC细胞系间差异表达的外泌体microRNA。摘要：microRNA（miRNA）是一类小型非编码RNA，通过与信使RNA（mRNA）相互作用，在基因表达的转录后调控中发挥作用。近年来，已积累证据表明细胞miRNA存在于细胞外人体体液中，如血清、血浆、唾液和尿液。此外，miRNA也存在于诸如外泌体等膜结合囊泡中。它们参与关键生物学过程，并在包括癌症和感染在内的多种疾病中失调。尽管对外泌体miRNA的作用了解甚少，但已证明病毒感染细胞分泌的miRNA可转移至未感染的受体细胞并在其中发挥作用，从而有助于传播病毒的致病特性。默克尔细胞癌（MCC）是一种起源于神经内分泌的皮肤癌。显著风险因素包括紫外线暴露和整合的默克尔细胞多瘤病毒（MCPyV）基因组的存在。

在这项工作中，我们对MCPyV阴性（MCC13和MCC26）和阳性MCC（MKL1和MKL2）细胞系的外泌体miRNA进行了测序。总共鉴定出519个外泌体miRNA在病毒阴性和病毒阳性细胞系之间差异表达，并选取了8个外泌体miRNA，通过qRT-PCR在健康供者和MCC患者的外泌体血清/血浆中进行验证。利用ExoCarta、TargetScan和miRTarBase数据库预测miR-222-3p的靶基因，以了解外泌体miR-222-3p在健康和疾病中的影响。结果显示，miR-222-3p存在于Merkel细胞癌细胞培养的外泌体、健康供者血清和MCC患者血浆中。测序结果表明，miR-222-3p在病毒阴性MCC细胞产生的外泌体中比在病毒阳性MCC细胞系分泌的外泌体中更为丰富。qRT-PCR验证证实了这一发现——

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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