PRJNA635105：染色质成环连接皮肤性状遗传风险位点与靶基因

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA635105

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

调控元件与基因启动子之间的染色质成环，为疾病风险变异影响其靶基因提供了一种潜在机制。在此，我们使用H3K27ac HiChIP——一种用于检测两种细胞系中活性染色质相互作用组的方法：角质形成细胞和皮肤来源的CD8+ T细胞。我们整合了淋巴母细胞样细胞系和原代CD4+ T细胞的公共数据集，并识别了皮肤相关疾病风险位点的基因靶点。相互作用的基因富集于各性状中已知重要的通路，如细胞因子反应（银屑病关节炎、银屑病）和复制性衰老（黑色素瘤）。我们展示了我们的分析如何为当前对多个银屑病相关风险位点的理解提供改变依据的示例。例如，通常被归属于IFNLR1的变异rs10794648，在我们的数据集中与GRHL3相关联，而GRHL3是皮肤修复和发育所必需的基因。因此，我们的发现表明皮肤相关因素在疾病风险中具有重新认识的重要性。总体设计：针对角质形成细胞（HaCaT）和CD8+ T细胞（MyLa）生成了HiChIP和Hi-C数据。角质形成细胞还接受了IFN-?刺激。

我们为每个HiChIP样本生成了2个生物学重复，每个Hi-C样本则生成了1个重复。同时，还产生了伴随的RNA-seq数据，其中初始HaCaT细胞有4个文库，刺激后的HaCaT细胞有3个，MyLa细胞有1个，GM12878细胞有2个。这些数据也曾上传至GSE68257供先前研究使用，但此处处理过的文件已更新，以反映新的研究内容。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。