基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

整合空间与单细胞分析鉴定CCL21+淋巴内皮细胞驱动肢端黑色素瘤有利免疫环境

该数据集为 NCBI BioProject 数据库中的一项生物项目，项目编号为 1514718，英文名称为“Integrated spatial and single cell analysis identifies CCL21+ lymphatic endothelial cells as a driver of a favorable immune environment in acral melanoma”。从名称可以看出，该项目围绕肢端黑色素瘤这一特定肿瘤类型展开研究，采用整合空间分析与单细胞分析的技术路线，旨在鉴定 CCL21+ 淋巴内皮细胞在塑造有利免疫环境中的驱动作用。数据集在分类上归属于肿瘤 / 皮肤癌领域，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 作为生物数据的集合，通常关联某一项单一研究计划，由单一机构或联盟发起，并为用户提供统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集的主题标签为“Other”，其短描述进一步概括了其核心研究内容，即通过空间与单细胞层面的整合分析，揭示 CCL21+ 淋巴内皮细胞与肢端黑色素瘤免疫微环境之间的关系。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI BioProject，项目编号为 1514718。BioProject 是 NCBI 提供的一种记录形式，用于汇集与某一项单一研究计划相关的生物数据。根据源站描述，一个 BioProject 记录通常源自单一组织或联盟，并为用户提供一个统一的位置，以查找该项目所生成的各种数据类型。本项目的标题明确指向肢端黑色素瘤研究，并强调整合空间与单细胞分析，以鉴定 CCL21+ 淋巴内皮细胞作为有利免疫环境的驱动因素。该数据集在分类上属于肿瘤 / 皮肤癌，主题标签为“Other”。除上述信息外，源站未提供更多关于研究背景、立项机构或具体研究目标的细节。

【数据内容】

根据数据集名称与短描述，该项目涉及空间分析与单细胞分析两种技术手段，研究对象为肢端黑色素瘤。其核心发现指向 CCL21+ 淋巴内皮细胞，认为该类细胞是驱动有利免疫环境的关键因素。然而，关于具体的数据类型、样本数量、测序平台、数据文件格式、数据量大小、基因表达矩阵、空间转录组图像或单细胞聚类结果等详细内容，源站未提供。因此，无法进一步描述该数据集所包含的具体数据条目或数据结构。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库中的一项记录，项目编号为 1514718。BioProject 记录本身是生物数据的集合，通常由单一组织或联盟发起，用于关联某一研究计划所产生的多种数据。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、受试者来源或具体实验条件等，源站未提供。

【适用场景】

基于数据集名称与短描述，该数据集可能适用于肢端黑色素瘤免疫微环境相关的研究，尤其是涉及 CCL21+ 淋巴内皮细胞、空间转录组与单细胞转录组整合分析、肿瘤免疫环境调控机制等方向。研究人员或可将其用于探索淋巴内皮细胞在肿瘤免疫中的作用，或作为相关生物信息学分析的参考数据。但需注意，源站未提供具体的数据使用案例或推荐应用场景，以上仅为基于标题与分类的合理推断。

【使用方法】

源站未提供该数据集的具体使用方法，包括数据下载方式、预处理步骤、分析工具或代码等。用户如需使用，应访问 NCBI BioProject 页面，根据项目编号 1514718 查找相关数据链接与说明。

【质量与限制】

源站未提供关于该数据集质量评估、数据完整性、批次效应、技术偏差或验证结果等信息。此外，由于缺乏样本量、测序深度、细胞数量等具体指标，无法对其可靠性或适用范围做出进一步判断。该数据集的主题标签为“Other”，可能意味着其分类尚未细化，用户在检索时需注意。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用格式、许可协议或使用条款。用户在使用前应自行查阅 NCBI BioProject 页面及相关数据记录，以获取准确的引用要求和授权信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE344166

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1514718

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肢端黑色素瘤（AM）是一种对免疫治疗反应不佳的罕见黑色素瘤类型。在本研究中，我们采用单细胞RNA测序、空间转录组学和多路免疫荧光技术，以识别免疫环境的潜在调控因子。我们的分析在AM样本中识别出侵袭前沿、瘤内区域和远处炎症区域中不同的免疫生态位。我们鉴定出两种不同的内皮细胞亚类：一种具有免疫调节特征（CCL21、IGF1、IL-7、PDPN），为淋巴管内皮细胞（LECs）所特有；另一种为血管内皮细胞（VECs）群体（SPARCL1、PVLAP、ADGRL4）。细胞间相互作用和相关性分析显示，CCL21+ LECs通过与树突状细胞（DCs）和CD4+ T细胞的通讯，是免疫微环境的强效调控因子。这些LEC-树突状细胞相互作用通过CCL21-CCR7介导，并在单细胞和空间数据中均表现出强相关性。相比之下，VECs被预测与成纤维细胞和巨噬细胞发生相互作用。

通过多重免疫荧光验证，在大多数AM样本中鉴定出LECs，并证明只有那些CCL21染色呈阳性的LECs在空间上与DCs、B细胞和CD4+ T细胞相关联。CCL21和CCR7的表达显示出显著相关性，并且与黑色素瘤患者队列中生存率的提高有关。这些数据共同表明，在肢端黑色素瘤中存在CCL21+ LECs，它们正向调节免疫微环境。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别