PRJNA1462718：解析循环中候选肿瘤-白细胞杂交细胞的基因组身份 [DNA]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1462718

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数据说明

循环肿瘤细胞（CTC）与白细胞（WBC）融合被认为可产生具有致癌特性和转移潜能的杂交细胞。然而，现有证据依赖于染色，缺乏分子谱分析，其发生率、真实身份以及免疫样特征的程度仍不清楚。为解决这一问题，我们建立了一种小鼠黑色素瘤模型，在癌细胞和宿主细胞中引入不同的荧光标记，从而能够分离双阳性（DP）细胞作为融合候选细胞。我们利用成像流式细胞术（imaging FACS）观察细胞质融合情况，并结合单细胞全基因组和转录组联合分析来检测肿瘤或宿主特异性基因组变异及基因表达谱，从而对这些细胞进行表征。在500个已分析的DP细胞中，我们未发现明确的融合事件证据。仅肺转移灶中的两个细胞同时表现出巨噬细胞和肿瘤特征，这与潜在融合一致，但也与吞噬作用的早期阶段相符。其余DP细胞源于非融合机制：在肿瘤中，它们主要是吞噬了肿瘤物质的巨噬细胞；而在循环中，它们对应于被血小板包被的CTC。

黑色素瘤患者的循环肿瘤细胞也表现出明显的血小板包被，导致核糖体和蛋白质翻译减少，以及两个物种中血小板活化和细胞黏附增加。总体而言，我们得出结论：双阳性细胞已可通过简约的生物学机制解释，无需涉及融合。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。