PRJNA1161630：多组学测序揭示光化性角化病与皮肤鳞状细胞癌的表观遗传调控 [ATAC-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1161630

标准获取流程：

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   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

皮肤鳞状细胞癌（cSCC）是一种重要的皮肤癌类型，其诊断和治疗困难，严重危害人们的身心健康。紫外线辐射诱导的日光性角化病（AK）是cSCC的癌前病变。cSCC的发生发展机制尚不清楚，表观遗传学方面的研究更是少之又少。本项目拟采用多组学测序技术结合实验方法，研究cSCC的发病机制，特别是从正常皮肤向AK、cSCC转化以及cSCC晚期转移的机制。通过对DNA甲基化、RNA甲基化、染色质可及性和转录组等多组学信息的整合分析，我们获得了cSCC不同阶段的表观遗传图谱，并鉴定了cSCC潜在的关键表观遗传驱动因素。本项目为cSCC的临床治疗和药物研发提供了重要的科学依据，也为其他癌症的研究提供了方法参考。

总体设计：收集的样本包括5例AK、5例cSCC和10例正常皮肤样本，均包含表皮层和真皮层，随后进行平行的RNA m6A-seq、850K DNA甲基化芯片和ATAC-seq分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。