phs001421:葡萄膜黑色素瘤全外显子组测序与甲基化谱分析
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,来源说明为 dbGaP study (Cohort),在站点分类体系中归入肿瘤 / 皮肤癌

基本信息
资源简介
phs001421:葡萄膜黑色素瘤全外显子组测序与甲基化谱分析
phs001421 是一个以葡萄膜黑色素瘤为研究对象的公开肿瘤数据集,英文全称为 Whole Exome Sequencing and Methylation Profiling of Uveal Melanoma。该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,来源说明为 dbGaP study (Cohort),在站点分类体系中归入肿瘤 / 皮肤癌。其主题聚焦于 Cohort,相关描述指出它是肿瘤领域公开数据集,主题涵盖 Cohort。整体来看,该资源围绕葡萄膜黑色素瘤的全外显子测序与甲基化谱分析展开,并以队列研究为组织框架,适合作为相关肿瘤研究的数据参考入口。
【数据集背景】
该数据集的英文名称明确指向葡萄膜黑色素瘤(Uveal Melanoma)研究,技术内容涉及全外显子测序(Whole Exome Sequencing)与甲基化谱分析(Methylation Profiling)。其来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,来源说明为 dbGaP study (Cohort),表明它属于 dbGaP 中的研究型资源,并以队列(Cohort)形式组织。分类上,该数据集被归入肿瘤 / 皮肤癌方向。除上述信息外,关于研究机构、项目发起方、具体疾病亚型、研究目标与背景等更详细内容,源站未提供。
【数据内容】
从名称可以看出,数据内容主要围绕全外显子测序和甲基化谱分析两类技术方向展开,研究对象为葡萄膜黑色素瘤。主题涵盖 Cohort,说明其数据组织可能与队列研究相关。相关描述还将其界定为肿瘤领域公开数据集。至于样本数量、测序平台、甲基化检测方法、数据文件类型、临床变量、随访信息、对照组设置、数据分层方式等具体内容,源站未提供。因此,无法从现有信息确认数据规模、覆盖范围或具体字段组成。
【采集与来源】
该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,来源说明为 dbGaP study (Cohort)。在站点分类中,它属于肿瘤 / 皮肤癌。其主题与 Cohort 相关,并被描述为肿瘤领域公开数据集。关于样本采集地点、采集时间、纳入与排除标准、伦理审批、知情同意、机构审查、地理区域、人群构成、样本处理流程等信息,源站未提供。因此,采集与来源部分只能确认其来自 ncbi.nlm.nih.gov 的 dbGaP 研究条目,并以队列研究形式呈现。
【适用场景】
基于已有信息,该数据集适用于肿瘤领域的通用研究场景,尤其是与葡萄膜黑色素瘤相关的全外显子测序和甲基化谱分析方向,也可在队列研究框架下作为公开数据资源进行探索。由于主题涵盖 Cohort,它可能适合需要以队列为组织方式的研究设计。需要强调的是,具体分析目标、疾病分层、生物标志物验证、临床转化应用等是否适用,源站未提供,需结合后续获取的完整数据说明判断。
【使用方法】
相关描述指出该数据集为公开数据集,因此可将其视为肿瘤领域可供访问的数据资源。但具体的访问入口、下载方式、权限申请流程、数据使用协议、推荐分析工具、数据处理步骤、质量控制流程等,源站未提供。若需实际使用,仍需依据 ncbi.nlm.nih.gov 上该 dbGaP 研究条目的最新说明进行操作。当前信息不足以给出完整的操作指南或技术流程。
【质量与限制】
关于该数据集的质量评估、样本量、测序深度、覆盖度、甲基化位点覆盖情况、数据完整性、批次效应、缺失值处理、数据版本、更新记录等,源站未提供。可以确认的是,它被归类为肿瘤 / 皮肤癌,来源为 ncbi.nlm.nih.gov 的 dbGaP study (Cohort),主题涵盖 Cohort,并属于肿瘤领域公开数据集。除此之外,质量与限制方面的具体结论无法从现有信息得出,使用前应查阅源站最新文档。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,来源说明为 dbGaP study (Cohort)。但具体的引用格式、许可协议、使用条款、数据共享政策、署名要求、联系方信息等,源站未提供。若需引用或使用,应以 ncbi.nlm.nih.gov 上该研究条目的正式说明为准。当前信息不足以确认其许可条件与引用规范。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs001421
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
dbGaP study (Cohort).
需要用于商业化训练或医疗器械注册(NMPA/FDA)?
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连,提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。




