人眼Micro-CT数据集(DICOM)

该数据集为因人眼葡萄膜黑色素瘤行眼球摘除术获得的人眼样本的Micro-CT影像,数据以DICOM格式导出,包含眼球部分结构、前房角(两部分档案中的虹膜与睫状体)、房水流出系统、角膜、晶状体、视网膜及视网膜前膜

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2020-02-09 更新
浏览 17
医学影像图像分割micro-ctanatomyvisual systemeyeirisciliary bodyAqueous humor outflowHuman samplesretinaepiretinal membranesNeuroscienceMedicine
Micro-CT of the human eye (DICOM)

基本信息

模态
医学影像
任务类型
图像分割
许可
CC BY 4.0
创建/更新时间
2020-02-09
版本
v1

资源简介

人眼Micro-CT数据集(DICOM)

Micro-CT of the human eye (DICOM)

该数据集为因人眼葡萄膜黑色素瘤行眼球摘除术获得的人眼样本的Micro-CT影像,数据以DICOM格式导出,包含眼球部分结构、前房角(两部分档案中的虹膜与睫状体)、房水流出系统、角膜、晶状体、视网膜及视网膜前膜。X射线研究在Don State Technical University“Materials”研究与教育中心的Xradia Versa 520设备上完成。样本另一半经固定、石蜡包埋、苏木精-伊红染色等常规组织病理学检查,石蜡块薄切片经透射光显微镜成像并扫描。可用于眼部解剖结构观察与影像-病理对照研究(来源 figshare,CC BY 4.0 许可)。

【数据集背景】

项目资助方:Grant of Government of Russian Federation no. 14.Z50.31.004。源站首次发布:2020-02-07。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):人眼的Micro-CT。该数据集包括:1)眼球的一部分;2)前房角(两部分档案中的虹膜与睫状体);3)房水流出系统;4)角膜;5)晶状体;6)视网膜;7)视网膜前膜。X射线研究在Don State Technical University“Materials”研究与教育中心( Versa 520装置(Carl Zeiss X-ray Microscopy, Inc., USA)进行。数据导出为DICOM文件格式。人样本取自一名因葡萄膜黑色素瘤接受眼球摘除术的患者。样本的一半接受了常规组织病理学检查,包括在4%磷酸盐缓冲福尔马林中固定、石蜡包埋、苏木精-伊红染色。随后对从石蜡块获得的薄切片进行透射光显微镜成像,并使用组织学

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个,合计 0 B。数据集 DOI:10.6084/m9.figshare.11821446.v1。

【主题与分类】

源站学科分类:Animal structure and function、Neurosciences not elsewhere classified、Other biomedical and clinical sciences not elsewhere classified、Ophthalmology。主题标签:micro-ct、anatomy、visual system、eye、iris、ciliary body、Aqueous humor outflow、Human samples、retina、epiretinal membranes。本站分类:肿瘤/皮肤癌。

【适用方向】

源站学科分类标注为 Animal structure and function、Neurosciences not elsewhere classified、Other biomedical and clinical sciences not elsewhere classified、Ophthalmology。

【获取与许可】

源站页面:https://figshare.com/articles/dataset/Micro-CT_of_the_human_eye_DICOM_/11821446

使用许可:CC BY 4.0(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。

规范引用:Tkachev, Sergey; Karnaukhov, Nikolai; Sadyrin, Evgeniy; Mitrin, Boris; Voloshin, Mark; Maximov, Alexey; et al. (2020). Micro-CT of the human eye (DICOM). figshare. Dataset

【使用注意】

· 源站最后修改于 2020-02-09,引用时请注意版本时效。

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源站:https://doi.org/10.6084/m9.figshare.11821446

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

人眼微型CT。该数据集包含:1) 眼球部分;2) 前房角(虹膜和睫状体);3) 房水流出系统;4) 角膜;5) 晶状体;6) 视网膜;7) 视网膜前膜。X射线研究是在顿河国立技术大学“材料”科研教育中心的设备上进行的(http://nano.donstu.ru),使用的是Xradia Versa 520型设备(美国卡尔蔡司X射线显微镜公司)。数据导出为DICOM文件格式。人类样本来自一名因葡萄膜黑色素瘤接受眼球摘除术的患者。样本的一半进行了常规组织病理学检查,包括在4%磷酸盐缓冲福尔马林中固定、石蜡包埋、苏木精-伊红染色。从石蜡块中获得的薄切片随后通过透射光显微镜成像,并使用Aperio2组织学玻片扫描仪(德国徕卡公司)进行扫描。眼球前段的另一半、两份视网膜样本和晶状体是在病理科大体检查时选取的,随后置于4%磷酸盐缓冲福尔马林中48小时。

所有样本均按照Silva, J. M. S.等人所述方法进行碘染色。三维非破坏性软组织可视化与X射线染色显微断层扫描。Sci. Rep. 5, 14088; doi: 10.1038/srep14088 (2015)。首先,将标本在乙醇与蒸馏水的梯度溶液(50%、70%、80%、90%、96%、100%)中脱水,每步浸泡1小时,各步之间间隔1小时。梯度乙醇浓度可限制样本收缩,并增加细胞对造影剂的通透性。脱水后,将样本置于绝对乙醇配制的1wt% I₂溶液中14小时。该方案的最后一步,样本用绝对乙醇洗涤,随后放入装有绝对乙醇的塑料容器中,然后于5°C下保存。本研究依照《赫尔辛基宣言》进行,

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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