配对原发与转移性黑色素瘤肿瘤差异表达基因鉴定

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-31139

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数据说明

比较同一患者原发黑色素瘤与早期转移标本之间的基因表达谱，将为早期转移过程提供重要的生物学见解。DASL（cDNA介导的退火、选择、延伸和连接）检测已用于从极小的福尔马林固定前哨淋巴结活检（SNB）黑色素瘤样本中生成502个癌症相关基因的基因表达数据，该数据进一步与配对的福尔马林固定原发黑色素瘤的基因表达进行了比较。使用激光捕获显微切割从二十五个SNB沉积物中取样组织。使用DASL检测SNB样本时检测到的平均基因数低于使用原发黑色素瘤肿瘤核心时的平均基因数（242个基因对434个基因）。很大一部分SNB样本未能通过检测（检测到的基因数<240个）（57.7%）。显微切割的组织面积、RNA浓度和qRT-PCR质量控制不能预测样本在芯片上的表现，但取样组织的年龄与检测到的基因数呈负相关（p=0.01）。对于成功检测的样本，有10个样本可获得配对的原发样本。

所有配对的肿瘤对之间基因表达谱具有相关性（Spearman’s rho 0.15-0.80，p<0.01），尽管在所有肿瘤对中，淋巴结转移瘤与原发瘤之间有一些基因存在差异表达。本研究表明，DASL检测可用于从小型福尔马林固定样本中生成基因表达数据，但结果并不一致。在10对匹配的原发瘤和淋巴结转移瘤中鉴定出差异表达基因，提示DASL检测可用于获取关于早期转移的重要生物学信息。从两个研究集中确定了福尔马林固定石蜡包埋的SNB样本和原发瘤。在研究1中，从2000年至今期间招募了基于人群确定的黑色素瘤患者进入一个队列。鉴定出8例阳性SNB样本，来自患

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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