HistoSweep 研究中多组织多疾病的高分辨率 H&E 图像

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.17260044

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 8.89 GB。

数据说明

该数据集包含八张高分辨率苏木精-伊红（H&E）染色的组织图像，用于研究HistoSweep，该研究能够在数字病理学和多组学空间中对千兆像素图像进行细胞级组织质量控制。这些图像已经过缩放和填充预处理，以确保样本间的一致性以及与数字病理学工作流程的兼容性。内容：肺非典型腺瘤性增生（AAH）（由K. Human实验室提供）Lung_AAH.zip；动脉粥样硬化（三个样本，由L. Maegdefessel实验室提供）：三个样本：Xenium分析后、CODEX分析后、多样本组织CODEX分析后Artery_Atherosclerosis.zip；黑色素瘤患者的淋巴结（由A. Huang实验室提供）LymphNode_Melanoma.zip；伴有肾细胞癌（RCC）的肾脏（由A. Huang实验室提供）Kidney_RCC.zip；经CosMx处理的肾脏组织（由K. Susztak实验室提供）：一张图像包含两个正常样本，一张图像包含一个正常样本和一个2型糖尿病（T2D）样本Kidney_MultiSample_T2D.zip。目的：这些图像提供了一组多样化的千兆像素H&E切片，涵盖多种组织类型和疾病背景。

它们可作为资源，用于重现、验证和扩展使用HistoSweep进行的分析，以及用于组织病理学和空间组学研究的通用目的。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。