单细胞RNA测序与单分子RNA FISH用于稀有细胞分析的比较

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE99330

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们利用单分子RNA FISH技术，在数千个黑色素瘤细胞中测量了26个基因，以此作为独立参考数据集，评估DropSeq和Fluidigm单细胞RNA测序平台的性能。我们计算了基尼系数，这是一种衡量稀有细胞表达变异性的指标，并发现RNA FISH与单细胞RNA测序在基尼系数上的对应关系，与均值不同，随着每个细胞文库复杂度增加而显著增强，直至检测到约2000个基因的阈值。类似的复杂度阈值也使得能够稳健地分配多基因细胞状态，如细胞周期阶段。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。