Tet2 敲除巨噬细胞的基因组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE98964

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

十-十一易位蛋白2（Tet2）是一种DNA甲基胞嘧啶双加氧酶，在造血系统恶性肿瘤中作为抑癌因子发挥作用。本研究中，我们揭示了Tet2在维持肿瘤组织髓系细胞免疫抑制功能中的作用。我们发现，在小鼠黑色素瘤模型及黑色素瘤患者中，肿瘤内髓系细胞中Tet2表达增加，且这种增加依赖于IL-1R-MyD88信号通路。髓系细胞中Tet2的缺失在体内抑制了黑色素瘤的生长，并将肿瘤相关巨噬细胞中的免疫抑制基因表达程序转变为促炎性程序，同时伴随免疫抑制功能的降低。这导致肿瘤中效应T细胞数量增加，而T细胞耗竭则消除了髓系特异性Tet2缺失所观察到的肿瘤生长减缓现象。我们的发现揭示了Tet2的一种非细胞内在的、促进肿瘤的功能，并提示Tet2可能是治疗非血液系统恶性肿瘤的一个潜在靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。