RBP-Jk基因体内外缺失后真皮成纤维细胞基因表达的整体变化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE36359

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目前尚不清楚多灶性上皮肿瘤周围的组织改变是癌症的原因还是结果。在此，我们提供证据表明，间充质Notch/CSL信号缺失引起组织改变，包括基质萎缩和炎症，这些改变先于上皮肿瘤出现并且是其强有力的触发因素。携带间充质特异性CSL/RBP-JK（Notch的关键效应因子）缺失的小鼠表现出自发性多灶性角质形成细胞肿瘤，这些肿瘤在真皮萎缩和炎症之后发生。CSL缺陷的真皮成纤维细胞通过上调c-Jun和c-Fos表达，进而提高可扩散生长因子、炎性细胞因子和基质重塑酶的水平，促进肿瘤细胞增殖增加。在人类皮肤样本中，皮肤鳞状细胞癌和多灶性癌前光化性角化病病变邻近的基质区域表现出Notch/CSL信号降低及相关的分子改变。重要的是，这些基因表达变化也可由UVA诱导，UVA是已知的皮肤区域癌化和皮肤癌的环境病因。

我们利用微阵列技术详细分析了体内和体外RBP-Jk基因敲除的真皮成纤维细胞中基因表达的全局变化，并与相应的对照组进行了比较。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。