原代人真皮成纤维细胞活化的体外机制

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE342214

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肿瘤相关成纤维细胞（CAFs）是黑色素瘤中主要的基质细胞群体，但由于缺乏经过验证的体外模型和亚型特异性标志物，对其特征的认识仍不充分。为解决这一问题，研究人员采用四种独立的诱导策略，将原代人真皮成纤维细胞活化为炎症样CAF（iCAF）或肌成纤维细胞样CAF（myCAF）表型：（1）用脂多糖（LPS，iCAF样）或TGF-beta（myCAF样）处理；（2）通过CRISPR-dCas9介导的IL6（iCAF样）或ACTA2（myCAF样）转录激活；（3）与未刺激或LPS刺激的外周血单个核细胞（PBMCs）直接共培养；（4）在SK-MEL-28黑色素瘤细胞的条件培养基中培养。在进行RNA测序（Illumina NovaSeq 6000，双端150 bp）之前，通过RT-qPCR和Western blot对经典标志物IL6和ACTA2进行验证，以确认活化状态。

对每种条件下的成纤维细胞及匹配的对照进行了批量RNA测序，以确定与iCAF样和myCAF样激活相关的全转录组基因表达变化，从而能够推导出亚型特异性基因特征，用于后续对黑色素细胞恶性肿瘤中基质重编程的分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。