野生型与GPNMB敲除iPSC来源小胶质细胞RNA-seq图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE328042

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

糖蛋白非转移性黑色素瘤蛋白B（GPNMB）对细胞摄取α-突触核蛋白（aSyn）的病理形式至关重要，而aSyn是帕金森病（PD）的标志性疾病蛋白。在此，我们证明GPNMB的非膜锚定胞外结构域可以以非细胞自主的方式发挥作用。在人脑中，GPNMB在神经元和小胶质细胞中广泛表达。在诱导多能干细胞衍生的小胶质细胞（iMicroglia）中，GPNMB的表达和分泌随暴露于凋亡神经元而增加。在aSyn纤维种子诱导的PD模型中，iMicroglia来源的GPNMB增强神经元对aSyn的摄取以及aSyn病理的发展，包括在GPNMB敲除神经元中。该数据集包含来自iPSC衍生小胶质细胞（iMicroglia）的bulk RNA-seq数据，这些细胞使用Brownjohn方案从同基因GPNMB野生型（WT）和GPNMB敲除（KO）iPSC系分化而来（各3个生物学重复），并以PBS作为载体对照处理。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。