GSE316922：空间生物学揭示免疫抑制状态下非黑色素瘤皮肤癌的巨噬细胞功能障碍

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE316922

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数据说明

非黑色素瘤皮肤癌（NMSC），包括基底细胞癌（BCC）和皮肤鳞状细胞癌（cSCC），其发病率不断上升，尤其是在免疫抑制人群中，这凸显了深入理解肿瘤微环境（TME）以开发有效且安全的免疫疗法的必要性。本研究采用单细胞多组学分析，探究免疫功能正常（IC）和免疫抑制（IS）患者的NMSC中免疫细胞的空间分布和转录谱。我们的结果挑战了主流观点，即免疫抑制主要由免疫细胞丰度降低或淋巴细胞功能障碍驱动。我们发现，IS肿瘤保留了所有必需的免疫细胞群体，但表现出功能性抑制和空间组织紊乱。我们的数据揭示了有限数量的独特程序，尤其是在巨噬细胞及其空间组织的微环境中，这些程序与T细胞受体库多样性受限和克隆扩增受损相关，从而在先天功能障碍与适应性免疫失败之间提供了机制性桥梁。

这些扰动进一步通过NMSC TME的新型空间表观基因组图谱得到证实，该图谱揭示了免疫状态特异性的调控程序，包括由MAF和ATF3驱动的巨噬细胞以及富含CUX1的成纤维细胞生态位，这些程序塑造了免疫抑制肿瘤的表观遗传景观。这些发现突显了先天免疫在塑造抗肿瘤反应中的核心作用，并为增强这一脆弱患者群体中的免疫治疗提供了潜在的治疗靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。