CTCF三维基因组组织防止exTreg分化以控制自身免疫外周耐受及免疫治疗结局[scRNAseq_scTCRseq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE274545

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

调节性T细胞（Tregs）可通过下调Foxp3表达转化为exTregs，但其潜在机制和功能意义仍未完全阐明（1, 2）。本研究表明，PD-1阻断可导致肿瘤浸润Tregs中CTCF结合位点的染色质可及性发生显著改变。CTCF通过调控Treg稳定性关键基因的三维组织架构，在维持小鼠Treg身份和预防自身免疫性疾病中发挥重要作用。此外，在小鼠模型中，急性敲除Treg特异性CTCF可增强T细胞应答并促进肿瘤内表达CD40L的exTregs分化，而不破坏整体免疫稳态。对接受抗PD-1和抗CTLA-4抗体治疗的黑色素瘤患者结肠炎组织进行单细胞T细胞受体测序分析，发现exTregs显著出现，这解释了Tregs和细胞毒性CD8+ T细胞同时增多的矛盾现象（3）（3, 4）。我们的研究结果强调了调控exTreg分化以增强癌症免疫治疗并减轻相关不良反应的治疗潜力。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。