GSE269601：COL10A1表达区分高危基底细胞癌基质中的癌症相关成纤维细胞亚群

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE269601

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数据说明

基底细胞癌（BCC）是诊断最常见的皮肤癌，也是人类最常见的恶性肿瘤。不同形态学亚型的BCC与低或高复发风险和侵袭性相关，但各个亚型如何发生的潜在生物学机制在很大程度上仍不清楚。由于大多数BCC似乎源于同一信号通路的突变，我们假设BCC的发生、生长和侵袭潜能也受肿瘤微环境的影响，特别是受癌相关成纤维细胞（CAFs）及其分泌因子的影响。在本研究中，我们旨在表征不同BCC亚型的间质特征，重点关注CAF群体。为探究不同BCC亚型的间质特征，我们采用激光捕获显微切割（LCM）结合RNA测序。我们选取了来自5种不同“纯”亚型（浅表型、结节型、微结节型、硬化型和基底鳞状型；各n=3）的15例BCC样本队列纳入分析。健康皮肤作为对照（n=6）。我们显示不同BCC亚型的间质具有不同的基因表达特征。

结节型和微结节型的特征似乎最为相似，而浅表型和硬化型的差异最大。通过比较低风险和高风险BCC亚型，我们观察到Collagen 10A1（COL10A1）在硬化型/浸润型和基底鳞状型高风险亚型的基质中过表达，但在微结节型中不过表达。这些发现通过免疫组织化学在包含89例不同BCC和13例健康皮肤样本的队列中得到证实。此外，对两个独立数据集中BCC的scRNAseq分析显示，表达COL10A1的细胞群体与浸润性BCC邻近的基质相关，并表现出细胞外基质重塑的特征。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。