黑色素瘤细胞系转录组与表观基因组图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE255263

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

描述了肿瘤表观遗传可塑性与非遗传性适应性治疗耐药之间的机制关系，并以BRAF突变黑色素瘤细胞的MAPK抑制作为模型系统。抑制后，这些主要为黑色素细胞性的细胞发生可逆的细胞状态变化，最终产生耐药的间充质样表型。表观基因组学和转录组学动力学研究，结合信息论和动态系统建模，揭示仅在治疗3天后，RelA即驱动染色质重塑，建立编码长期表型变化的表观遗传程序。具体而言，RelA通过招募KDM5B和HDAC1至SOX10和NFKBIE的启动子区域，下调组蛋白标记H3K4me3和H3K27ac，从而转录抑制这两个基因。SOX10的抑制介导黑色素瘤向药物难治性表型的退化。这些发现已在接受MAPK抑制剂治疗的黑色素瘤患者中得到证实，为药物暴露后引发的导致耐药的表观遗传重编程提供了机制见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。