健康、基底细胞癌和黑色素瘤皮肤中的免疫细胞基因表达

该数据集来自 NCBI GEO(GSE196292),比较健康皮肤、基底细胞癌和黑色素瘤皮肤中肥大细胞及其他 CD45+ 免疫细胞的基因表达谱,采用高通量测序进行表达谱分析,物种为人类(9606),平台为 GPL20301

geo
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基因组分类GPL203019606
GSE196292: Immune cell gene expression in healthy, basal cell carcinoma and melanoma skin

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-23

资源简介

健康、基底细胞癌和黑色素瘤皮肤中的免疫细胞基因表达

GSE196292 是一个来自 NCBI GEO 的基因表达数据集,主题为健康皮肤、基底细胞癌和黑色素瘤皮肤中免疫细胞的基因表达。该数据集通过高通量测序对肥大细胞及其他 CD45+ 免疫细胞进行表达谱分析,旨在比较不同皮肤状态下这些免疫细胞的基因表达特征。数据集物种为人类(9606),平台为 GPL20301,包含 1 个数据文件,样例文件为 GSE196292_series_matrix.txt.gz,作者为 Silvia Bulfone-Paus,发布时间为 Feb 07 202。该数据集归类于肿瘤 / 皮肤癌方向,可为皮肤肿瘤免疫微环境研究提供表达谱层面的参考。

【数据集背景】

该数据集关注皮肤组织中的免疫细胞,特别是肥大细胞以及其他 CD45+ 细胞。研究背景涉及健康皮肤、基底细胞癌和黑色素瘤三种皮肤状态,通过比较这些状态下免疫细胞的基因表达谱,探索免疫细胞在皮肤肿瘤环境中的表达差异。源站标题明确指向健康、基底细胞癌和黑色素瘤皮肤中的免疫细胞基因表达,源站描述进一步说明其目的是比较来自这三种皮肤状态的肥大细胞和其他 CD45+ 细胞的基因表达谱。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件,样例文件名为 GSE196292_series_matrix.txt.gz,格式为 GZIP 压缩包。该文件为系列矩阵文件,通常用于汇总样本层面的基因表达信息。数据集的主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL20301 和 9606,分别对应高通量测序表达谱分析、芯片平台编号和人类物种。数据内容围绕肥大细胞及其他 CD45+ 免疫细胞的基因表达谱展开,覆盖健康皮肤、基底细胞癌和黑色素瘤皮肤三类样本背景。

【采集与来源】

数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI GEO 数据库中的 GSE196292 条目。作者为 Silvia Bulfone-Paus,发布时间为 Feb 07 202。物种为人类(9606),平台为 GPL20301。源站描述说明该数据集比较健康、基底细胞癌和黑色素瘤皮肤中肥大细胞和其他 CD45+ 细胞的基因表达谱,采用高通量测序进行表达谱分析。

【适用场景】

该数据集适用于皮肤肿瘤免疫微环境相关研究,尤其是针对肥大细胞和 CD45+ 免疫细胞在健康皮肤、基底细胞癌和黑色素瘤中的基因表达差异分析。可用于比较不同皮肤状态下免疫细胞的表达特征,支持免疫细胞功能、肿瘤免疫逃逸机制以及皮肤癌微环境异质性等方向的探索性分析。也可作为高通量测序表达谱数据的参考集,用于方法验证或与其他皮肤癌表达数据联合分析。

【使用方法】

使用时可下载数据文件 GSE196292_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入。读取后可根据系列矩阵中的样本注释和表达值进行分组比较,围绕健康皮肤、基底细胞癌和黑色素瘤三类样本以及肥大细胞与其他 CD45+ 细胞类型开展差异表达分析。由于文件为压缩格式,需使用支持 GZIP 的解压或读取工具处理。

【质量与限制】

源站未提供关于样本量、测序深度、数据质控指标、批次信息或缺失值处理的具体说明。数据集仅包含 1 个文件,未提供其他辅助文件或原始测序数据的详细描述。使用时应自行核对文件字段与编码,并在小样本上验证读取流程。由于源站未提供完整的实验设计、样本注释和质控报告,分析结果的解释需谨慎,建议结合源站原始条目获取更多元数据。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可信息。使用该数据集时应遵循 NCBI GEO 的通用使用规范,并参考源站条目获取作者、标题和发布信息。引用时建议注明数据集编号 GSE196292 及作者 Silvia Bulfone-Paus,具体引用格式和许可条款以源站说明为准。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE196292

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

健康皮肤、基底细胞癌和黑色素瘤皮肤中肥大细胞与其他CD45+细胞的基因表达谱比较

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