cSCC细胞C1r基因siRNA敲低后mRNA-Seq分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE174626

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

角质形成细胞来源的皮肤鳞状细胞癌（cSCC）是最常见的转移性皮肤癌，其全球发病率正在上升。慢性炎症已被认定为cSCC的危险因素，而炎症是癌前光化性角化病病变进展为侵袭性和转移性cSCC过程中的典型特征。补体系统是先天免疫的重要组成部分，在肿瘤微环境中可检测到补体激活，其一直被视为针对癌细胞的宿主防御机制。补体级联可通过三条不同的途径激活，即经典途径、凝集素途径或替代途径，它们均导致裂解途径的激活和膜攻击复合物的形成，膜攻击复合物是靶细胞膜上的孔状结构，导致靶细胞裂解。补体的经典途径通常由C1复合物与结合于其靶抗原的抗体结合而激活。C1复合物由六个C1q亚组分组成，每个亚组分具有由C1qA、C1qB和C1qC链亚基组成的胶原三螺旋结构，以及各两拷贝的丝氨酸蛋白酶C1r和C1s亚基。

对cSCC细胞（n=8）和正常人表皮角质形成细胞（NHEKs，n=4）的全转录组分析，以及对cSCC细胞（n=8）和正常人表皮角质形成细胞（NHEKs，n=5）基于寡核苷酸芯片的表达分析显示，cSCC细胞中C1r过表达（分别为GSE66412和GSE66368）。既往研究已表明，敲低C1r可促进cSCC细胞凋亡，并显著抑制体内人cSCC异种移植肿瘤的生长和血管化（Riihilä等，Br J Dermatol 2020; 182:658-670）。就此，我们研究了C1r敲低后cSCC细胞的RNA表达谱。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。