SREBF2诱导循环黑色素瘤细胞中转铁蛋白并抑制铁死亡

该数据集来自NCBI,标题为SREBF2诱导循环黑色素瘤细胞中转铁蛋白并抑制铁死亡,属于肿瘤/皮肤癌分类。源站描述指出这是一个SuperSeries,由下方列出的SubSeries组成

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基因组分类GPL185739606
GSE157745: The lipogenic regulator SREBF2 induces Transferrin in circulating melanoma cells and suppresses ferroptosis

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-23

资源简介

SREBF2诱导循环黑色素瘤细胞中转铁蛋白并抑制铁死亡

GSE157745 是一个来自 NCBI 的基因表达数据集,标题为“The lipogenic regulator SREBF2 induces Transferrin in circulating melanoma cells and suppresses ferroptosis”,中文可译为“脂质合成调控因子 SREBF2 在循环黑色素瘤细胞中诱导转铁蛋白并抑制铁死亡”。该数据集归属于肿瘤/皮肤癌分类,采用高通量测序进行表达谱分析,物种为人(9606),平台编号为 GPL18573。数据集以 SuperSeries 形式组织,由若干 SubSeries 组成,当前提供 1 个数据文件,样例文件名为 GSE157745_series_matrix.txt.gz。该数据集可用于研究黑色素瘤循环肿瘤细胞中 SREBF2、转铁蛋白与铁死亡之间的调控关系,适合作为基因表达分析及相关分子机制探索的数据资源。

【数据集背景】

该数据集围绕黑色素瘤中脂质代谢调控与铁死亡之间的关联展开。标题明确指出研究对象为脂质合成调控因子 SREBF2,其在循环黑色素瘤细胞中诱导转铁蛋白(Transferrin)表达,并抑制铁死亡过程。这一主题涉及肿瘤细胞在循环环境中的存活机制,以及代谢调控与细胞死亡通路之间的相互作用。数据集所属分类为肿瘤/皮肤癌,说明其应用背景集中在肿瘤生物学与皮肤癌研究领域。源站描述仅说明该 SuperSeries 由下列 SubSeries 组成,未进一步展开各子系列的具体研究设计。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件,样例文件名为 GSE157745_series_matrix.txt.gz,采用 GZIP 压缩格式。主题标签显示其数据类型为高通量测序表达谱分析(Expression profiling by high throughput sequencing),平台为 GPL18573,物种编号为 9606(人)。表达谱矩阵文件通常包含样本层面的表达测量值及样本注释信息,但具体包含多少样本、检测多少基因或转录本、分组设计如何,源站未提供。该数据集作为 SuperSeries,其组成 SubSeries 的具体内容与数量,源站未提供。

【采集与来源】

数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,即 NCBI 数据库。作者信息记为 Ben,S.,Wittner。发布时间记为 Sep 09 202,该日期字段本身不完整,源站未提供更完整的发布日期说明。数据集通过高通量测序平台 GPL18573 产生表达谱数据,物种为人。样本采集的具体组织类型、细胞来源、处理条件、测序策略与建库方法等细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肿瘤/皮肤癌方向的基因表达研究,尤其是黑色素瘤循环肿瘤细胞相关的分子机制探索。研究者可基于表达谱数据考察 SREBF2 与转铁蛋白表达之间的关系,以及铁死亡相关基因的表达模式。由于数据来自高通量测序表达谱,可用于差异表达分析、通路富集分析、候选基因筛选等通用分析场景。此外,作为 SuperSeries,它也可作为定位其下属 SubSeries 的入口,便于按子系列获取更细粒度的数据。具体研究设计与适用分析类型需结合原始数据判断,源站未提供详细说明。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE157745_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认样本注释、表达值格式与缺失值表示方式无误后,再批量接入分析流程。由于该数据集为 SuperSeries,实际分析前应确认所需数据是否位于其 SubSeries 中,并按需获取对应子系列文件。分析时可结合平台注释信息将探针或转录本映射到基因层面,再进行表达比较与可视化。具体分析流程与参数设置应依据研究目的确定,源站未提供推荐的分析步骤。

【质量与限制】

当前可确认的信息包括文件数量为 1、文件格式为 GZIP 压缩包、数据类型为高通量测序表达谱、物种为人、平台为 GPL18573。样本量、测序深度、重复数、质控指标、批次信息与数据完整性等质量相关细节,源站未提供。由于该数据集为 SuperSeries,仅凭当前文件可能不足以覆盖全部子系列内容,使用前需核实数据范围。发布日期字段不完整,可能影响版本追溯。使用者在分析前应自行评估数据质量与适用性。

【引用与许可】

引用该数据集时应参考源站标题“The lipogenic regulator SREBF2 induces Transferrin in circulating melanoma cells and suppresses ferroptosis”及作者信息 Ben,S.,Wittner,并注明来源站 ncbi.nlm.nih.gov 与数据集编号 GSE157745。数据许可条款、使用限制与再分发规定,源站未提供,使用前应查阅 NCBI 相关页面确认。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE157745

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

This SuperSeries is composed of the SubSeries listed below.

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