染色质成环连接皮肤病遗传风险位点与靶基因

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE151193

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

调控元件与基因启动子之间的染色质环化为疾病风险变异影响其靶基因提供了一种潜在机制。本研究采用H3K27ac HiChIP方法，在两种细胞系——角质形成细胞和皮肤来源的CD8+ T细胞中检测活性染色质相互作用组。我们整合了淋巴母细胞样细胞系和原代CD4+ T细胞的公共数据集，鉴定了皮肤相关疾病风险位点的靶基因。相互作用的基因富集于各性状中已知重要的通路，如细胞因子应答（银屑病关节炎、银屑病）和复制性衰老（黑色素瘤）。我们展示了分析如何改变对多个银屑病相关风险位点当前认知的实例。例如，通常被归属于IFNLR1的变异rs10794648，在我们的数据集中与GRHL3相关联，而GRHL3是皮肤修复和发育所必需的基因。因此，我们的发现表明皮肤相关因素在疾病风险中具有重新认识的重要性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。