MITF 通过控制 TCA 循环调节黑色素瘤缺氧反应

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE132624

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数据说明

为响应动态的肿瘤内微环境，黑色素瘤细胞采取不同的表型状态，这些状态具有与微小眼相关转录因子（MITF）差异表达相关的不同生物学特性。对缺氧这一主要微环境线索的响应，是由缺氧诱导转录因子（HIFs）的表达所支撑的，这些因子重编程代谢并促进促血管生成的VEGF表达。HIF1α通过转录因子bHLHE40/DEC1间接抑制MITF，而MITF能激活HIF1α的表达。尽管HIF与MITF共享高度相关的DNA结合特异性，但它们是否共享一部分靶基因尚不清楚。此外，缺氧对黑色素瘤的全基因组影响、哪些基因是HIF的直接靶标，以及代表不同表型状态的黑色素瘤细胞系是否表现出不同的缺氧响应，均属未知。此处我们展示，三种不同的黑色素瘤细胞系表现出广泛不同的缺氧响应，仅在缺氧12小时后共同调节了核心的23个基因。

令人惊讶的是，在缺氧条件下，MITF受HIF1α短暂上调，并共同调节包括VEGFA在内的部分HIF靶标。重要的是，我们还发现MITF能抑制自身表达，并调控SDHB以控制三羧酸循环，从而抑制假性缺氧。我们的研究揭示了MITF在代谢及支撑黑色素瘤缺氧反应因子网络中的未知作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。