Runx/CBFβ转录因子复合物通过两个新型增强子调控Ccl5表达以增强肿瘤免疫 [数据集2]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE130599

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

CCL5（又称RANTES）最初被认为在招募记忆T细胞至感染部位中起重要作用，但作为艾滋病患者T淋巴细胞中HIV进入的抑制剂而备受关注。近期有报道指出，CCL5对于维持局部组织中的Trm（组织驻留记忆）T细胞是必要的，并且在宿主免疫与癌细胞操纵肿瘤微环境方面也发挥作用。然而，关于Ccl5表达如何被调控知之甚少，这使得治疗干预颇为困难。我们的研究揭示，Runx/CBFβ转录因子复合体通过两个新型转录增强子拮抗Ccl5表达。近端增强子是稳态下Ccl5基础表达所必需的，而远端增强子则是激活阶段Ccl5表达所必需的。我们采用enChIP-seq技术鉴定出位于启动子1.35 Mb远处的远端增强子。这一长距离相互作用需要全局染色质组织者Satb1的协助。

我们的研究揭示，在B16-F10黑色素瘤模型中，通过删除近端增强子导致Ccl5量减少，进而促进了转移。另一方面，Ccl5表达增高的Runx3突变小鼠系则显示出相反的结果，提示宿主Ccl5水平与转移率之间存在一种新的负相关关系。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。