UVB驱动皮肤癌进展过程中表观基因组改变不同阶段的亚硫酸氢盐测序数据

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE122226

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

暴露于UVB辐射会导致多种细胞反应，包括活性氧（ROS）的生成和DNA损伤，并且是导致非黑色素瘤皮肤癌（NMSCs）的原因。尽管基因突变已有充分记录，但表观遗传学改变，即表观突变，仍不清楚。DNA甲基化是控制基因表达中一种稳定且可遗传的表观遗传变化。此外，尚不清楚在UVB诱导的癌变过程中，表观基因组DNA甲基化组会如何变化。在本研究中，我们利用CpG Methyl-seq来鉴定全基因组DNA CpG甲基化，分析紫外线B（UVB）照射的SKH-1小鼠皮肤表皮以及不同阶段非黑色素瘤皮肤乳头瘤中的DNA甲基化谱。使用Agilent小鼠SureSelect Methyl-seq试剂盒富集小鼠基因组中约330万个CpG位点。同时，进行RNA-seq以检查相应的转录组改变。利用生物信息学分析来鉴定差异甲基化和差异表达的基因。随着时间推移，UVB照射改变了小鼠表皮中的甲基化谱。

比较第15周与第25周的所有表皮样本，UVB对DNA甲基化组的改变具有重大影响。对差异甲基化区域（DMRs）的检查显示，大多数DMRs位于远端基因内区域（转录起始位点上游>3 kb或3‘非翻译区下游）以及启动子区域。有趣的是，在第25周时，全皮肤样本与肿瘤样本之间的甲基化谱存在差异。Ingenuity通路分析（IPA）鉴定出许多癌症相关通路，包括PTEN、p53、Nrf2以及UVB照射诱导癌变中的炎症信号传导。细胞周期调控和细胞生长相关通路，包括Stat3信号传导和雌激素介导的S期进入，也被鉴定出来。此外，一些参与皮肤癌变且此前未被报道的新基因我们

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。