GSE110589：Spitz痣与普通黑素细胞痣的分子特征分析

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE110589

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数据说明

良性黑素细胞病变的分子特性目前了解甚少。针对特定痣亚型的研究仅少数开展，包括普通痣细胞痣(NCN)或Spitz痣(SN)。与黑色素瘤相关的致癌基因在SN中通常缺乏基因组改变。本研究分析了25例SN和15例NCN的mRNA表达。采用RNA NanoString nCounter基因表达平台(基因数量=770)进行分子谱分析。标记发现通过由来自同一患者的7例SN和7例NCN样本组成的训练集进行，验证则使用由18例SN和8例NCN样本组成的第二组进行。利用训练集，在SN与NCN之间识别出197个差异表达基因。其中，74个基因在验证集中得到验证(FDR Q值≤0.13)。此外，运用随机森林和LASSO特征选择，确定了SN与NCN的分子特征，包含15个排名最高的基因。

基因集分析显示，SN中与免疫调节、炎症和细胞外基质相互作用以及血管生成相关过程相关的转录本表达增加，基因通路呈上调趋势。尽管恶性黑色素瘤的分子特征已被详细研究，但良性黑素细胞病变如普通痣细胞痣（NCN）和Spitz痣（SN）的分子特性仍知之甚少。这一有限的认识阻碍了对黑素细胞非典型及恶性转化的深入理解。本研究发现，与NCN相比，SN具有独特的分子表达谱，即使病变取自同一患者也是如此。这些发现强烈表明，SN代表一类独特的黑素细胞肿瘤，其演化方式与NCN不同，并非由NCN序贯演变而来。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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