复发性黑色素瘤的遗传改变 - 第2部分

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-8778

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

通过研究一例独特的转移性黑色素瘤病例，我们观察到，即便表型出现分化，源自十多年间异时转移的细胞系仍保留了遗传稳定性的核心。在本研究中，我们扩展了先前的观察，将这些克隆来源的自体细胞系与异体细胞系进行比较，并将阵列比较基因组杂交与基因表达谱分析相关联，以确定它们对疾病进展动态的相对贡献。对自体细胞系和源自其他患者的异体黑色素瘤细胞系进行了aCGH和基因表达谱分析。遗传失衡的总范围、全局转录模式与细胞表型之间存在显著相关性；它们并非遵循严格的时间顺序进展，而是根据癌症干细胞假说，在不同时间点独立地源自一个遗传稳定性的核心；尽管它们的贡献相互交织，但通过aCGH可检测到的基因组失衡仅占决定自体肿瘤独特性的转录特征的25%。

我们的研究为癌症进展的动态提供了重要见解，并支持针对决定每位患者疾病个体性的稳定遗传因素开发靶向抗癌疗法，这些因素在整个疾病终末期均得以维持。关键词：遗传修饰设计 我们报告了对一名长期存活的黑色素瘤患者转移灶中获取的黑色素瘤细胞系以及其他黑色素瘤细胞系的基因表达谱分析。RNA经过扩增并杂交到17.5K cDNA微阵列上。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。