黑色素瘤进展为脑转移的DNA甲基化分析
该数据集来自omicsdi.org,聚焦黑色素瘤从原发灶进展为脑转移过程中的DNA甲基化改变。研究使用Illumina 450K BeadChips检测黑色素细胞、原发黑色素瘤及淋巴结转移灶等样本的差异甲基化区域,旨在寻找脑转移特异性分子标志物

基本信息
资源简介
黑色素瘤进展为脑转移的DNA甲基化分析
该数据集来自omicsdi.org,聚焦黑色素瘤从原发灶进展为脑转移过程中的DNA甲基化改变。黑色素瘤是侵袭性强、治疗抵抗的皮肤肿瘤,其发病率在过去三十年间持续上升,可从局部黑色素细胞转化发展为原发肿瘤,并转移至多个器官,其中脑转移是皮肤黑色素瘤患者最重要的死亡原因之一。研究使用Illumina 450K BeadChips检测黑色素细胞、原发黑色素瘤及淋巴结转移灶等样本的差异甲基化区域,旨在寻找脑转移特异性分子标志物。数据集归类于肿瘤/皮肤癌方向,主题标签为Transcriptomics。
【数据集背景】
黑色素瘤是侵袭性最强、最难治疗的癌症之一,也是最具生命威胁的皮肤肿瘤,其发病率在过去三十年间不断上升。黑色素瘤由黑色素细胞的局部转化起始,形成原发肿瘤后可转移至多个器官。脑转移是皮肤黑色素瘤患者最主要的死亡原因之一;尽管采用积极的多模式治疗,黑色素瘤脑转移患者的中位生存期仍不足一年,多数患者死于颅内病变。基于这一临床背景,相关研究旨在寻找脑转移特异性的分子标志物,并从DNA甲基化层面识别与脑转移相关的改变。
【数据内容】
该数据集的核心内容是黑色素瘤进展至脑转移过程中的DNA甲基化分析结果。研究使用Illumina 450K BeadChips评估差异甲基化区域,检测样本涵盖黑色素细胞、原发黑色素瘤以及淋巴结转移灶等。数据集的主题标签为Transcriptomics,本站分类为肿瘤/皮肤癌。除上述样本类型与检测平台信息外,源站未提供关于样本数量、甲基化位点数目、具体差异甲基化区域列表或标志物候选清单的进一步说明。
【采集与来源】
数据集来源于omicsdi.org。源站描述说明了研究背景与检测策略,即针对黑色素瘤脑转移特异性分子标志物的寻找,采用Illumina 450K BeadChips对黑色素细胞、原发黑色素瘤和淋巴结转移灶等样本进行差异甲基化区域评估。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息及具体处理流程,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究黑色素瘤由原发灶向脑转移进展过程中的DNA甲基化改变,可用于探索脑转移特异性分子标志物,也可为理解黑色素瘤侵袭与转移的表观遗传机制提供数据基础。其样本覆盖黑色素细胞、原发黑色素瘤与淋巴结转移灶等阶段,适合开展不同进展阶段之间的差异甲基化比较分析。关于该数据集在其他疾病或人群中的适用性,源站未提供。
【使用方法】
使用该数据集时,可围绕Illumina 450K BeadChips产生的甲基化数据,对黑色素细胞、原发黑色素瘤及淋巴结转移灶等样本进行差异甲基化区域分析,以识别与脑转移相关的甲基化改变并筛选候选标志物。关于数据文件格式、预处理步骤、归一化方法、统计模型及分析软件等具体操作信息,源站未提供。
【质量与限制】
源站描述提及研究使用Illumina 450K BeadChips评估差异甲基化区域,但未提供样本量、数据完整性、批次效应、验证实验或质量控制指标等信息。该数据集聚焦DNA甲基化层面,主题标签为Transcriptomics;关于多组学整合程度及其他分子层面的覆盖情况,源站未提供。使用时应结合源站原始记录核实数据范围与适用条件。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、作者信息、发表文献及许可条款,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-44661
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
黑色素瘤是最具侵袭性和最难治的癌症之一。它是最危及生命的皮肤肿瘤,过去三十年来其发病率持续上升。黑色素瘤由黑色素细胞的局部转化发展为原发肿瘤,后者可转移至多个器官。脑转移是皮肤黑色素瘤患者最重要的死亡原因之一。尽管采用了积极的多模式治疗,黑色素瘤脑转移患者的中位生存期仍不足一年,其中大多数患者死于颅内病变。我们旨在寻找脑转移特异性的分子标志物。为识别与脑转移相关的DNA甲基化改变,我们使用Illumina 450K BeadChips芯片评估了黑色素细胞、原发黑色素瘤、淋巴结转移和脑转移中的差异甲基化区域。将40份标本经亚硫酸氢盐转化的DNA与Illumina Infinium 450k Human Methylation BeadChip芯片进行杂交。
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